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使用常规技术检测真实队列中2369例NSCLC患者的MET+14外显子跳跃突变频率

2021年01月24日

整理：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

MET 14外显子（METex14）跳跃突变是非小细胞肺癌（NSCLC）中的致癌性驱动基因，可对靶向治疗敏感。然而，METex14跳跃突变临床上较为罕见，且具有多样性，因此对小样本活检的检测可能具有挑战性。一项研究使用Sanger测序和/或两种不同的基于DNA的二代测序（NGS）方法检测了法国里昂医院的转移性NSCLC患者组织样本，结果发现基因组改变的频率高度依赖于患者的选择和使用的技术方法。

研究背景

驱动基因阳性NSCLC对相应的靶向治疗敏感，并且不同突变的患者可以通过靶向治疗获得个性化治疗，因此驱动基因非常值得关注。NSCLC中报道的MET异常激活包括拷贝数改变（多倍体和扩增）和突变。最常见的突变类型为METex14跳跃突变，可通过MET降解减少和活性增加来激活MET。由于METex14跳跃突变的序列组成高度不同，因此这些突变的频率高度依赖于检测技术。这项回顾性研究旨在根据近年来临床使用的不同检测技术来描述METex14跳跃突变的频率。

研究方法

组织样本来自2014年3月至2018年5月期间，法国里昂医院中经METex14跳跃突变常规检测的转移性NSCLC患者。回顾性收集各中心病例的性别、年龄、吸烟史、疾病分期和组织病理学报告等临床数据，组织病理学报告由两位胸科病理学专家审查。

使用免疫组化（IHC）方法检测c-MET蛋白过表达。对c-MET的染色进行了0~3分的四级量表半定量评分，0分为不存在，3分为＞50%的肿瘤细胞中发生强染色。IHC为2分（中等表达）或3分（高表达）者，进行荧光原位杂交（FISH）分析以确认MET扩增。MET扩增定义为在至少100个肿瘤细胞核中的基因拷贝数≥6或细胞簇＞3。多倍体定义为MET/CEN7＜2。不同研究时期，METex14异常使用以下3种不同的方法进行检测：（1）2014年3月1日至2016年4月30日（第一个时期），在使用Sanger测序检测多重KRAS/EGFR/BRAF后，仅在临床医生要求下才进行METex14及其剪接位点的Sanger测序。（2）2016年5月1日至2017年8月31日（第二个时期），使用包括METex14编码区的Ampliseq Panel和Ion Personal Genome Machine技术对预期样本进行系统性的NGS检测，由于该方法覆盖范围不足以检测MET剪接位点突变（尤其是5’端），因此在临床医生要求下也进行Sanger测序。（3）2017年9月1日至2018年5月30日（第三个时期），Ampliseq Panel已改善可覆盖METex14剪接位点，并使用基于RNA的检测技术确认METex14跳跃突变。

研究结果

研究共纳入分析2369个样本，其中62个（2.6%）具有METex14异常。患者主要为女性（61%），中位年龄75岁。22个样本进行了MET IHC分析，其中19个（86%）为阳性，再对这19例阳性病例进行FISH检测，发现2例扩增和1例多倍体。

表1. 患者临床特征

就所有研究时期而言，NSCLC中METex14跳跃突变的发生率为2.6%。图1描述了突变类型及其对供体或受体位点的影响。

图1. METex14跳跃突变谱

62个样本中，50个（81%）通过NGS诊断，而12个（19%）通过Sanger测序诊断。第二个时期中，通过Sanger测序诊断出了NGS Panel中未覆盖的部分基因中的一个突变。

表2. 三个时期对METex14的检测

METex14异常的频率根据患者的选择和使用的技术方法而有所不同，其在已知的KRAS/EGFR/BRAF野生型患者中的发生率最高（15.4%）。在仅使用NGS检测的患者中，当NGS Panel覆盖METex14的3’端和5’端时，METex14异常的频率最高（Panel V2，4.1%）。共存基因突变发生于3例（5%）患者中，包括1例KRAS G12C突变、1例NRAS Q61L突变和1例MET H1112Y替换。

表3. 根据患者的选择检测METex14跳跃突变

总结

总而言之，基因组变异的频率高度依赖于患者的选择和使用的技术方法。在日常的临床实践中，必须在灵敏度和可行性之间做出折中的选择，对于小样本活检，本研究中所使用的基于DNA的NGS检测也许是基于RNA的检测技术的一种实用替代方法。

参考文献

1. Champagnac A, Bringuier PP, Barritault M, et al. Frequency of MET exon 14 skipping mutations in non-small cell lung cancer according to technical approach in routine diagnosis: results from a real-life cohort of 2,369 patients. J Thorac Dis. 2020 May;12(5):2172-2178.

仅供医疗专业人士参考

审批编号：CN-72069

有效期至：2021-4-17

责任编辑：肿瘤资讯-MJ
排版编辑：肿瘤资讯-Shelley