引言：MET扩增是EGFR和ALK靶向治疗药物常见的耐药机制，在部分肺癌患者中也可检出新发MET扩增。MET扩增可以由整个染色体的多倍体或者MET区域基因片段局灶性扩增导致。然而，两种不同机制或类型MET扩增临床意义尚不明确。为此，来自上海市胸科医院病理科团队基于超200例MET扩增患者，分析了两种不同机制或类型MET扩增临床意义，并进行了验证。相关结果已于2024年4月发表于Mod Pathol杂志（影响因子：6.8），本文对此进行简要解读和分享，希望能为医务工作者提供新的科研和临床参考，造福更多肺癌患者。
背景
编码肝细胞生长因子酪氨酸激酶受体（也称为c-MET）的MET原癌基因通过MET信号的异常激活，在几种人类恶性肿瘤发生发展中起到重要作用。多种机制均可导致MET通路信号紊乱，包括MET突变、融合、扩增和蛋白质过表达。其中，导致MET 14号外显子跳跃突变的机制已被广泛探索和分析。该区域的基因功能丢失可导致MET蛋白降解功能受损和MET下游信号通路组成性激活、细胞增殖水平升高和肿瘤生长。迄今为止，已有几种小分子MET酪氨酸激酶抑制剂（TKI）获批用于治疗携带MET 14号外显子跳跃突变的晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者。
MET扩增（METamp）是一种更复杂的MET基因变异。首先，METamp可发生在各种肿瘤类型和不同的临床场景中。其次，在肺癌中，新发肿瘤患者METamp在1%至5%之间，而在EGFR TKI治疗进展后其发生率为5%至20%。第三，METamp扩增水平是一个连续变量，不同患者之间的差异很大。几项小规模研究表明，高水平METamp比低水平METamp更能预测患者从MET抑制剂治疗中的获益。理论上，METamp可导致MET蛋白表达升高。在几项临床试验中，MET蛋白过表达状态也显示出与MET靶向治疗疗效之间的潜在相关性。然而，由于对MET扩增或过表达的标准化定义缺乏共识，以及研究和临床检测之间阈值的差异，对METamp进行深入探索存在一定困难。
传统上，荧光原位杂交（FISH）可通过计算每个细胞平均MET基因拷贝数（GCN）和肿瘤细胞中MET染色体计数探针与7号染色体结合的比率（CEP7）（MET/CEP7比率）来确定METamp。MET/CEP7比值也可用于区分局灶性扩增和多倍体。FISH检测发现每个细胞平均有5个或更多的MET拷贝（MET GCN≥5）和/或MET/CEP7比率≥2.0则被定义为METamp。基于杂交捕获的二代测序（NGS）越来越多地被用于常规分子检测。与单基因MET FISH检测相比，NGS能够同时检测许多其他潜在的，具有临床意义的基因组变异，准确评估MET GCN，并能够根据MET和7号染色体上其他基因的测序深度，以区分MET局灶性扩增和多倍体。与FISH一样，不同NGS平台使用的不同算法对METamp的定义也没有达成共识。也有研究对MET蛋白不同免疫组化（IHC）抗体进行了探索和检测，例如常用的抗总MET抗体（c-MET，SP44）和针对磷酸化MET的抗体（p-MET，Y1234/1235，Y1349）。MetMab评分和H评分系统通常用于解释IHC结果，尽管具体的临界值在不同研究之间有所不同。
总之，即使在相同的方法中，用于定义MET扩增或过表达的阈值也有所不同，导致其与MET抑制剂的临床获益相关性也存在矛盾之处。本研究回顾性地纳入了231例NSCLC患者（SCH队列），并对上述3种方法在检测METamp，特别是不同METamp亚型的能力进行了全面比较。此外，研究者还探索了不同MET扩增阈值下METamp患者的生物学和临床病理特征。
结果
表1详细列出了由231例患者组成的SCH队列临床病理特征。在基因FISH确定的130例METamp病例中，中位年龄为65岁，其中大多数患者为男性（75.4%），有吸烟史（64.6%），肿瘤分期为IV期（73.8%）。主要组织学类型为腺癌（80.8%）和鳞状细胞癌（10.0%）。值得注意的是，与MET阴性组相比，METamp患者的男性比例（P<0.001）、既往吸烟比例（P<0.001）和PD-L1肿瘤比例评分（TPS）（P=0.001）明显更高。
在分析SCH队列之前，研究者首先分别基于上述3种方法制定了MET扩增/过表达的截断值，以便进行全面的比较分析。FISH使用了MET/CEP7的公认标准≥2或MET GCN≥5作为阈值（图1A）。至于NGS，METamp亚型首先由定制的算法确定。为了使NGS与FISH具有可比性，其METamp阳性阈值也被定义为局灶性扩增或多倍体GCN≥5（图1B）。对于IHC阳性标准，比较了c-MET或p-MET表达4个预先指定的IHC临界值与FISH之间的一致性。使用c-MET染色H评分≥200作为IHC阳性临界值（C1），与FISH的总体一致性最高（78.7%）。因此，该IHC截断值后续被用于不同方法之间的比较分析（图1C）。145例样本经至少一种方法鉴定为MET扩增/过表达，但其中只有一半的样本（73例）被所有3种方法均定义为MET扩增/过表达阳性（图1D）。FISH、NGS和IHC鉴定的MET扩增比例分别为89.7%、63.4%和74.5%。以FISH结果为参考，NGS的阳性一致性百分比（PPA）为66.9%，阴性一致性百分比（NPA）为95.1%，总体一致性百分比（OPA）为79.2%；IHC的PPA为72.9%，NPA为86.1%，OPA为78.7%（图1E）。
接下来，研究者探索了NGS/IHC与FISH之间的不一致性是否由MET-GCN水平导致。如图2A所示，当MET GCN＜5或≥8时，NGS与FISH的一致性相对较高（76.5%-100%）。相比之下，当MET-GCN处于5到8之间时，NGS与FISH的一致性非常低（34.5%）。有趣的是，IHC和FISH之间的一致性也显示出类似的趋势（图2A）。考虑到FISH和NGS都是基于DNA的检测方法，研究者重点比较了NGS和FISH在METamp检测中的作用。根据FISH和NGS对METamp定义的二元结果（+/-，存在或不存在），将SCH队列分为4个亚组，然后分析各组c-MET过表达的频率。值得注意的是，FISH-NGS+亚组MET过表达频率（80% vs 84.9%）与FISH+NGS+亚组相似，而FISH+NGS-亚组MET过表达频率较低（48.8%）（图2B）。这些数据表明，尽管相较于NGS，FISH在该队列中可检出更多的MET扩增，但这些病例中的大多数可能对MET的致癌驱动作用依赖性较弱。进一步的分析表明，FISH和NGS确定的MET-GCN之间存在很强的相关性（R2=0.63，图2C）。74.4%（32/43）仅通过FISH鉴定的MET扩增肿瘤（FISH+NGS-亚组）属于MET多倍体。研究者依次比较了NGS和FISH在检测METamp亚型方面的一致性（图2D）。当METamp状态被NGS和FISH细分为局灶性扩增、多倍体和阴性3类时，两种检测手段的OPA仅为77.9%。相比之下，将多倍体与阴性患者合并后与局灶性扩增对比时，OPA达到了93.1%。这些数据表明，多倍体可能是导致NGS和FISH检测METamp不一致性的关键因素。
进一步探讨了MET局灶性扩增和多倍体在肺癌中的致癌活性。首先，研究者分析了153例初治患者中其他经典肺癌驱动因素共突变情况，以排除EGFR TKI耐药导致的混淆因素和潜在偏倚（图3A）。比较分析表明，MET多倍体组和METamp阴性组的其他经典肺癌驱动基因共突变发生率没有统计学差异（51.6% vs 72.1%，P=0.067）。与其他两组相比，局灶性扩增组驱动基因共突变发生率（16.7%）明显较低（图3B），表明其致癌活性较高。此外，MET局灶性扩增还与较高的GCN相关（P<0.01，图3C）。为了进一步探讨局灶性扩增组的高GCN是否可能导致其低共突变发生率，研究者分析了不同GCN水平下驱动基因共突变的发生率。有趣的是，无论GCN水平如何，MET局灶性扩增组的伴随驱动突变发生率都很低（均<35%）。在局灶性扩增和多倍体组中，没有观察到GCN水平与驱动基因共突变发生率的明显负相关性（图3D）。这些数据表明，尽管两者之间存在很强的相关性，但MET局灶性扩增，而不是高GCN，更有可能是MET驱动NSCLC发生的致癌因素。
在蛋白质水平上，MET局灶性扩增c-MET（P=0.014）和p-MET（P=0.017）H评分均高于多倍体（图3E、F）。此外，研究者还分析了新发METamp和EGFR TKI治疗后获得性METamp患者中METamp亚型的分布情况。在基于FISH结果的METamp患者中，两组之间没有观察到显著差异。相比之下，根据NGS结果，MET局灶性扩增在治疗耐药患者中的发生率明显高于初治患者（100% vs 80.3%，P=0.01图3G）。这些结果进一步表明，MET局灶性扩增，而不是多倍体，更可能是导致肺癌进展的驱动因素。
使用LAVA数据库中的2个大型NSCLC队列进行了验证分析。在LAVA组织队列（n=15649）中，2.14%的病例检出METamp，局灶性扩增占75.2%。在LAVA ctDNA队列（n=6361）中，1.32%的病例检出METamp，其中85.7%为局灶性扩增。由于LAVA数据库缺乏治疗相关数据，因此无法判别METamp是否为新发变异。因此，研究者对两个队列是否存在EGFR共突变进行了分析。如图3H，I所示，在任何情况下，不同METamp亚型之间驱动基因共突变发生率的趋势与图3B所示的SCH队列结果相似，MET局灶性扩增患者共突变发生率最低，多倍体患者发生率与METamp阴性组相当。LAVA队列结果进一步支持了SCH队列的发现。总之，上述结果表明，无论GCN水平如何，MET局灶性扩增更有可能与其他经典驱动基因变异相斥，并可能在肺癌中起到致癌驱动因素的作用。相比之下，MET多倍体通常有更多伴随的驱动基因突变，更可能不是导致肺癌发病的驱动因素。
既往研究表明，METamp与PD-L1高表达相关。同样，在SCH队列中，高水平MET-GCN患者PD-L1阳性（TPS>1%）比例更高（GCN=10 vs GCN 5-10：91.6% vs 60.6%；P=0.028；图4A）。此外，相较于MET多倍体和METamp阴性患者，MET局灶性扩增患者的PD-L1阳性比例也更高（81.1% vs 60.0%或44.8%；P=0.083和P<00.001；图4B）。
结论
在NSCLC中，MET局灶扩增是一种比MET多倍体更强的致癌驱动因素，可作为MET驱动型肺癌的潜在标志物，并指导治疗选择。研究者建议在未来的临床研究中，基于MET局灶性扩增探索MET抑制剂的临床活性。
本文主要参考Xiang C, Lv X, Chen K, et al. Unraveling the Significance of MET Focal Amplification in Lung Cancer: Integrative NGS, FISH, and IHC Investigation. Mod Pathol. 2024;37(4):100451. doi:10.1016/j.modpat.2024.100451。
审批编号CN-143042，过期日期2024-12-18
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