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通过欧洲克隆NGS DNA捕获（EC-NDC）小组对套细胞淋巴瘤cfDNA的基因分型和最小残留疾病评估

2023年07月04日

整理：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

2022年美国血液学会（ASH）年会在12月14日落下帷幕。作为血液领域广受关注的学术盛会，ASH大会尽揽血液领域前沿诊疗进展，为血液领域发展提供了指引与参考。本届ASH大会在淋巴瘤领域也有诸多惊喜内容。套细胞淋巴瘤（MCL）作为一种具有特定免疫表型和重现性遗传学异常的小至中等大小、单形性成熟B细胞肿瘤，占非霍奇金淋巴瘤（NHL）的6%~8%。MCL常显示CD5和SOX11的表达特征，95%以上患者伴有CCND1基因重排并导致Cyclin D1蛋白细胞核内高表达^[1]；患者以老年男性为主，常侵犯结外部位，兼具侵袭性淋巴瘤疾病进展迅速和惰性淋巴瘤不可治愈的特点^[2]。

MCL的现代治疗理念越来越多地将临床和生物学变量纳入风险适应疗法策略。新的下一代测序（NGS）技术非常适合用于肿瘤基因分型以及通过最小残留病变（MRD）评估进行疾病监测，从而识别具有高复发风险的患者。本届ASH大会公布了一项评估MCL中Euroclonality-NGS DNA捕获（EC-NDC）对cfDNA基因分型和微小残留病变（MRD）评估的研究^[3]。

研究目的

研究分析EC-NGS DNA捕获试验是否a）适用于外周血和血浆中MCL的基因分型，以及b）与基于扩增子的EC免疫球蛋白NGS试验相比，是否适用于血浆中的MRD评估。

研究方法

根据诊断时外周血浸润≥10%，从欧洲MCL协作组（NCT02858258）在TRIANGLE试验中治疗的MCL队列中总共选择了109个外周血样本（55个基线水平和54个中期水平）。从国家参考实验室前瞻性收集的外周血样本中，提取了外周室（PBC）DNA和血浆cfDNA。对于靶向捕获，使用EC-NDC分析（Univ8®Genomics，UK）同时检测72个基因中的免疫球蛋白和T细胞受体（IG/TR）重排、结构变体（SV）和单核苷酸变体（SNV）（Stewart，Blood Adv，2021）。对于诊断外周室和cfDNA样本，基于免疫球蛋白克隆型为具有≥6个独特读数，以及≥5%的注释免疫球蛋白读数，结构变体为拥有≥4个独特读数，单核苷酸变体为在≥4%的变异等位基因下具有≥6种独特读数。对于基于扩增子的MRD分析，使用EuroClonality IG-NGS分析，称为IG克隆型，标记的IG读数≥5%，多克隆背景丰度≥1 log。

使用8µg 外周室DNA在外周室中通过IG-NGS分析MRD，以达到10-6的灵敏度。对于cfDNA中的MRD分析，我们的目标是对IG‑NGS和EC‑NDC使用≥5000个基因组当量（GE）。ARResT/Interrogate（Bystry，生物信息学，2017年）适用于cfDNA靶向捕获的管道对数据进行了分析。MRD状态通过在≥1次读取时检测到淋巴瘤特异性IG克隆型和/或结构变体，或在≥3次读取时检索到≥1个疾病特异性突变来定义为阳性。

研究结果

基线时cfDNA总量很高（平均92.6 ng/mL血浆），在中期阶段甚至增加（平均123.8 ng/mL），而在治疗结束（EoT）时38个样本中减少了10倍（平均11.45 ng/mL）。

在基线时，通过IG-NGS在所有55个外周室和cfDNA样本中检测到肿瘤特异性IGH-VJ克隆型。EC-NDC基因分型在55个外周室和cfDNA样本中显示出与IG克隆型、结构变体和单核苷酸变体完全一致的结果，除了3个外周室样本具有覆盖IGH-VJ区域的低可用读数。在外周室和cfDNA中，54/55名患者中证实了t（11；14）（q13；q32）易位的存在，而一名通过FISH检测t（11，14）易位状态未知的患者经EC-NDC检测为阴性。EC-NDC在外周室和cfDNA中鉴定了106个推定的体细胞单核苷酸变体（VAF 2.7-75%，中位数30%），其中包括MCL中被描述为驱动因素的基因（ATM（25/55）、TP53（11/55）、KMT2D（9/55）、SAMHD1（5/55）、CCND1（5/5）和18个其他基因（图1）。有6名患者检测到t（11；14）和IG重排，但没有显示额外的单核苷酸变体。平均而言，每pt识别出6个MRD标记（范围：3-10）。

图片7.png 图1. 使用EuroClonality（EC）-NGS DNA捕获（EC-NDC）方法对55例MCL患者的外周室和cfDNA进行基线靶向测序。热图显示了前20个重复突变基因的突变模式以及结构变体。水平条形图显示了两个室中每个基因的体细胞突变频率。

在中期阶段，对54份外周室和44份cfDNA样本进行了MRD分析。25名（47%）患者通过IG-NGS在外周室中发现MRD+。20名（46%）患者经EC-NDC检测cfDNA中MRD+（8名患者≥2个标记，4名患者2个标记和8名患者1个标记）。从10/44（23%）个cfDNA样品中，9个样品通过IG-NGS检测到MRD+，其中9个样品也通过ED-NDC检测到MRD+。在44例外周室和cfDNA平行分析的患者中，14例（32%）为MRD+，18例（41%）为MRD-，而12例（27%）结果不一致。

研究结论

该研究是首次比较靶向捕获和扩增子测定在外周室和MCL中应用的分析。基于捕获的EC-NDC分析允许对MCL进行全面的基于液体活检的基因分型。此外，IG-NGS和EC-NDC测定均适用于cfDNA中的MRD评估，由于该测定检测到并追踪到多个MRD靶标，因此有证据表明EC-NDC检测到更灵敏的MRD。仍需要临床数据来探索血浆与外周室中MRD评估的潜在预后影响。会议将介绍治疗结束时的最新MRD分析以及与临床数据的相关性。

参考文献

1.Navarro A, Beà S, Jares P, et al. Molecular Pathogenesis of Mantle Cell Lymphoma. Hematol Oncol Clin North Am. 2020 Oct;34(5):795-807. doi: 10.1016/j.hoc.2020.05.002. Epub 2020 Jul 22. PMID: 32861278; PMCID: PMC7473344.

2.Radhakrishnan VS, Lokireddy P, Parihar M, et al. Mantle cell lymphoma: A clinical review of the changing treatment paradigms with the advent of novel therapies, and an insight into Indian data. Cancer Rep (Hoboken). 2022 Jul;5(7):e1590. doi: 10.1002/cnr2.1590. Epub 2021 Nov 24. PMID: 34821081; PMCID: PMC9327661.

3.Mouhamad Khouja, et al, Abstract 1528, 2022 ASH.

声明：材料由阿斯利康支持，仅供医疗卫生专业人士参考

审核编号：CN-114574

责任编辑：肿瘤资讯-小编
排版编辑：肿瘤资讯- Olivia