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聚焦NTRK基因融合最新研究进展,优化实体肿瘤精准诊疗实践

2023年09月12日
整理:肿瘤资讯
来源:肿瘤资讯

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神经营养因子受体络氨酸激酶(NTRK)基因融合是一种致癌驱动因子,与染色体内或染色体间重排相关,能够驱动肿瘤的增殖与扩散。目前,针对NTRK基因融合的靶向药物如拉罗替尼和恩曲替尼现已在国内已获批上市,为NTRK基因融合的肿瘤患者带来了新的靶向治疗方案。近年来,针对这一靶点的诊断及治疗研究备受临床关注,也获得了诸多突破。

本文整理了NTRK基因融合最新研究发现,并从病理与临床专家角度分享该“钻石”靶点的检测筛查策略、临床应用现状及治疗价值。

NTRK包含NTRK1、NTRK2和NTRK3,分别编码原肌球蛋白受体激酶(TRK)家族TRKA、TRKB和TRKC三种蛋白。TRK家族在胚胎发育和神经系统正常功能的维持中发挥作用[1]。证据表明,实体肿瘤中的NTRK基因融合是多种成人和儿童肿瘤的致癌驱动因子,其在不同瘤种中的表达有较大差异:常见实体瘤中NTRK基因融合很少见,如在肺癌、结直肠癌(CRC)中NTRK基因融合率<5%,甲状腺癌(TC)中的发生率约为5%~25%;而在罕见肿瘤中NTRK基因融合频发,如在涎腺分泌性癌、婴儿型纤维肉瘤(IFS)中的发生率超过90%[2-3]。该靶点的发现为肿瘤诊疗开辟了新的道路,而如何利用NTRK基因融合状态指导肿瘤的精准诊治,近年来备受关注。

由于NTRK基因融合属于罕见突变,既往关于该突变类型肿瘤患者的预后研究多为小样本量研究,且研究数量非常有限,但研究结果多提示未接受TRK抑制剂治疗的NTRK基因融合阳性肿瘤者通常预后更差。为了进一步明确NTRK基因融合状态对于肿瘤患者预后的影响,Ulrik Lassen等进行了一项Meta分析[2],纳入了2022年8月11日前发表的3项回顾性病例对照研究(NTRK基因融合阳性69例,阴性444例),这3项研究的森林图如图1所示)。该荟萃分析结果进一步证实,相较于NTRK基因融合阴性的患者,NTRK基因融合阳性但未接受TRK抑制剂治疗的患者,从确诊/开始标准治疗时间起的10年内,死亡风险增加50%。意味着NTRK基因融合阳性患者在自然状态(未接受TRK抑制剂治疗)下的预后更差。

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图1:荟萃分析纳入3项研究的森林图[2]

TRK抑制剂的出现,成为了NTRK基因融合阳性肿瘤患者新的治疗希望。2022年底发表的一项研究比较了NTRK基因融合阳性晚期分化型甲状腺癌(DTC)、结直肠癌(CRC)及软组织肉瘤(STS)患者接受标准治疗与拉罗替尼治疗的疗效数据。结果发现,针对DTC患者,拉罗替尼、仑伐替尼和索拉非尼三种治疗方式的客观缓解率(ORR)分别为81.0%、64.7%及12.2%,中位无进展生存期(mPFS)分别为未评估到(NE)、18.3个月、10.8个月;在CRC患者中,研究比较了拉罗替尼与瑞戈非尼、三氟尿苷+替匹嘧啶三种治疗方式的疗效,mPFS分别为NE、1.9个月和2.0个月,ORR分别为37.54%、1.0%和1.6%;针对STS患者,拉罗替尼及阿霉素+异环磷酰胺治疗的ORR分别为52.1%、26.4%;具体数据如图2所示。研究结果证实,与标准治疗相比,NTRK基因融合阳性的晚期DTC、CRC及STS患者,接受TRK抑制剂拉罗替尼治疗后,均有望获得预期寿命延长[4]

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图2:DTC、CRC及STS中,拉罗替尼与标准治疗比较的疗效数据[4]

为了进一步验证真实世界中,TRK抑制剂拉罗替尼对于NTRK基因融合阳性晚期肿瘤患者的疗效。国外研究者利用数据库信息,纳入了3项真实世界研究中,共85例拉罗替尼治疗及28例非TRK抑制剂的标准治疗患者数据进行了疗效分析,数据匹配后的结果分析发现[5],接受拉罗替尼治疗的肿瘤患者中位总生存期(mOS)为39.7个月,标准治疗组为10.2个月(如图3所示),提示NTRK基因融合阳性晚期肿瘤患者接受拉罗替尼治疗后,能够获得比标准治疗更长的OS。

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图3:拉罗替尼与标准治疗的疗效对比[5]

除拉罗替尼外,恩曲替尼是我国获批的另一种TRK抑制剂。从结构上可以看到,拉罗替尼是首个高选择性小分子NTRK基因融合抑制剂,拉罗替尼能够有效抑制ATP与TRKA、TRKB和TRKC催化结构域的结合,同时对其他酪氨酸激酶具有低结合亲和力;恩曲替尼是我国获批的另一种TRK抑制剂,是一种多激酶抑制剂,具有针对ROS 1、ALK、TRKA/B/C和JAK 2的活性(图4)[6-11]

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图4 拉罗替尼和恩曲替尼选择性

既往针对两者疗效的直接比较研究有限。一项发表在《柳叶刀•肿瘤》 上汇总分析结果证实,中位随访32.2个月,拉罗替尼治疗患者的中位OS未达到;中位随访29.2个月,PFS 为29.4月;中位随访28.3个月,DOR为32.9个月。一项纳入局部晚期/转移NTRK融合阳性实体瘤的综合性分析显示,中位随访30.6个月,恩曲替尼治疗患者的中位OS为37.1个月,PFS为13.8个月,DOR为20.0个月(图5)[12,13]

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图5 拉罗替尼和恩曲替尼疗效

从2022 ASCO大会公布的两项研究数据可以看到,拉罗替尼最常见的≥3级治疗相关不良事件(>3%)为ALT升高(3%);而恩曲替尼治疗患者≥3级治疗相关不良事件数量较多,其中贫血发生率为10%,体重增加7%,呼吸困难6%,疲劳5%(图6)[9,14]

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图6 拉罗替尼和恩曲替尼安全性

Jesus等[15]将恩曲替尼(n=74)和拉罗替尼(n=117)临床研究的患者数据进行了间接配对比较,发现两种治疗的客观缓解率(ORR)和安全性相似,拉罗替尼治疗的患者OS和缓解持续时间(DoR)更长,完全缓解率(CR率)更高。上述研究均肯定了TRK抑制剂在NTRK基因融合阳性晚期肿瘤患者中的治疗价值,虽然NTRK基因融合在肿瘤中属于罕见突变,但其亦可称之为“钻石”突变,可以说,NTRK基因融合为晚期肿瘤患者敞开了一扇希望的大门,也提示晚期肿瘤患者应积极进行NTRK基因融合检测。
由于NTRK基因融合在不同肿瘤中具有独特的频率分布,如何识别NTRK基因融合阳性肿瘤患者的共同临床特征、尽可能提高检测阳性率值得思考;同时,各种检测方法的机制多样、检测平台众多、检测技术复杂,检测的准确性、成本等在临床应用中也需要进行综合考量。

NTRK基因融合频发的肿瘤中,预先分子检测必不可少。如针对IFS,通常ETV6::NTRK3高发,其对诊断具有重要价值;故可预先进行FISH、RT-PCR检测,如结果阴性再进行NGS检测;IHC可用于初筛。针对NTRK基因融合发生率低的肿瘤,检测时建议聚焦于可能与NTRK基因融合相关的临床病理特征,如针对CRC,NTRK融合在MLHI/PMS2缺陷、BRAF和RAS野生型中容易富集,推荐在检测致癌生物标志物时同时进行NTRK基因融合检测,也可在IHC筛查后进行NGS确认,但需排除所选抗体对某种融合类型敏感性低而至漏检的可能。各类肿瘤的NTRK基因融合检测推荐时机和首选方式如图7所示。

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图7:各类肿瘤的NTRK基因融合检测推荐[6]

以非小细胞肺癌(NSCLC)为例,NTRK1、NTRK2、NTRK3均可在NSCLC患者中出现,且融合结构复杂、伴侣众多,未来可采取大规模的基因筛查,例如同时进行NTRK与其他生物标志物(如EGFR, ALK, ROS1, BRAF, KRAS, MET等)的NGS检测,了解NTRK基因融合阳性NSCLC患者特点[16]NTRK融合基因检测现已被纳入NSCLC分子检测的指南常规推荐,如在《中国实体瘤NTRK融合基因临床诊疗专家共识》[17]中推荐对于所有转移性或局部晚期肺癌患者,或对于无常见驱动基因(如EGFR、ALK、ROS-1、BRAF,MET,Her-2等) 的患者应进行NTRK基因融合检测。

近年来,针对NTRK基因融合诊疗路径的优化备受关注。一项研究[18]发现,在128例BRAF和RET双阴性的乳头状甲状腺癌(PTC)患者中,56例(56/128,43.8%)检测出了NTRK基因融合,NTRK2、NTRK1和NTRK3融合各有1例(1.8%,1/56)、16例(28.6%,16/56)和39例(69.6%,39/56),并且NTRK基因融合常与ALK、MET、FGFR2及BRAF突变互斥(如图8所示),提示在BRAF和RET双阴性PTC中,存在着高度的NTRK基因融合发生率。

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图8:128例PTC患者基因检测表现

通过该研究,研究者开发了适合PTC患者的NTRK基因融合检测最佳算法(如图9所示),NGS检测(包含RNA-NGS)可作为检测首选,其优势在于可发现已知和未知的NTRK重排。FISH可以用于检测BRAF/RET双阴性肿瘤中的NTRK1和NTRK3融合,若FISH阴性或阳性结果不确定可再进行NGS检测。随着NTRK靶向药物的应用以及临床上对遗传学和病理学了解的增加,检测NTRK基因异常的技术及指南也将有望得到发展。

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图9:PTC患者的NTRK基因融合检测最佳算法

另一项研究针对CRC患者NTRK基因融合检测现状的研究[19]采用pan-TRK IHC、FISH和基于DNA/RNA的NGS技术检测NTRK融合状态,在15例NTRK富集的CRC患者中发现8例NTRK融合。针对NTRK基因融合检测算法研究发现(如图10所示),在MLH1丢失的dMMR患者中,通过筛查KRAS/BRAF野生型患者,进行甲基化状态测定及FISH、IHC和NGS融合的NTRK测试,IHC+/FISH+/NGS+组中发现了5例NTRK基因融合,IHC+/FISH-/NGS+组和IHC-/FISH+/NGS+组各发现了1例、2例NTRK基因融合。该项研究表明, IHC、FISH和基于DNA/RNA的NGS检测对于CRC中NTRK检测具有重要的价值。
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图10:CRC患者NTRK基因融合检测的算法

得益于分子检测技术和创新药物的发展,NTRK基因融合阳性的晚期肿瘤患者有望从TRK抑制剂治疗中获益。但临床目前对于NTRK基因融合这一罕见靶点的了解还非常有限,识别NTRK基因融合阳性患者的疾病特征、发挥多种检测技术优势,提高其检出率和准确率,未来仍需进一步探索。

专家点评

曾瑄
教授

北京协和医院病理科 教授/博士生导师
中华医学会病理学分会分子病理学组 委员
国家病理质控中心(PQCC)分子病理组 委员
中国抗癌协会肺癌专业委员会 委员
中国抗癌协会病理学分会乳腺学组 委员
中国计量测试学会生物计量专业委员会 委员
《中华病理学杂志》 编委
               

病理专家NTRK基因融合是一种致癌驱动因子,能够驱动肿瘤的增殖与扩散。NTRK基因融合的识别有助于恶性肿瘤的精准诊断,但其结构复杂、伴侣众多,提高了检测难度。NTRK基因融合的检测方式包括IHC、FISH和基于DNA和RNA的NGS等,各种检测方法性能不同、优点与局限性也有所差异。关注最新的NTRK基因融合病理检测进展,我们能够更加清晰地了解各类检测手段的特点及推荐的使用场景,也期待在临床与病理紧密配合下,积累更多的数据与经验,精准识别这一靶点,为患者带来治疗福音。

陈永辉
主任医师

医学硕士、现任中国医学科学院北京协和医院核医学科副主任医师、副教授、硕士生导师
中华医学会核医学分会68Ga显像与精准诊疗工作委员会委员
中华医学会核医学分会治疗学组委员
北京内分泌代谢病学会甲状腺专委会常委
北京医学会核医学分会核素治疗学组委员
自2003年起在北京协和医院核医学科从事临床、教学及科研工作
专业擅长甲状腺疾病如131I治疗甲亢、分化型甲状腺癌,神经内分泌肿瘤及晚期前列腺癌诊疗一体化
参加过多项临床研究课题、因 “北京地区血友病综合诊治和管理协作体系的建立及相关应用”项目获2010年中华医学科技叁等奖
        

临床专家:基因融合是一种特定类型的基因组改变,驱动肿瘤发生。NTRK基因融合广泛存在于多种类型肿瘤中,虽然在常见肿瘤中属于罕见突变,但这类患者能够从TRK抑制剂中获益。如既往研究证实,TRK抑制剂拉罗替尼治疗NTRK基因融合阳性实体瘤,能够为患者带来长期、持久的生存获益,且治疗耐受性良好。本文整理了NTRK基因融合的最新研究进展,再次印证了NTRK基因融合“钻石”靶点对于晚期肿瘤患者的重要价值;也提示临床医生在肿瘤诊疗中,应用好这一靶点。在进行NTRK基因融合检测时,可常规用IHC初筛,阳性患者再用NGS检测验证,特殊类型肿瘤如IFS可直接用FISH检测。此外,由于NTRK基因融合通常与其他基因互斥,故如进行了各类基因检测后均为野生型,需怀疑NTRK基因融合存在可能,可以根据检测路径进行筛选或NGS确诊。
期待随着研究的继续深入,我们能够更多地了解NTRK基因融合患者的疾病特征,指导临床有方向地为患者选择NTRK检测手段及时机等,提高诊断效率、节约医疗成本。


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责任编辑:肿瘤咨讯-CY
排版编辑:肿瘤资讯-HK



               
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评论
01月04日
梁留峰
叶县人民医院 | 消化内科
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