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MET扩增ALK阳性NSCLC的分子异质性和共突变基因

10月16日

整理：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

引言：MET扩增是NSCLC其他通路靶向治疗常见耐药机制，包括EGFR TKI和ALK TKI等。目前已探索多种克服MET扩增耐药的策略，但不同患者对于后续治疗方案的敏感性各异。既往研究已证实，MET扩增拷贝数和共突变基因会影响后续靶向治疗疗效。为了更好地了解MET扩增ALK阳性NSCLC的分子异质性和共突变基因，本研究分析了50多例ALK+ MET继发性扩增NSCLC患者的组织和血浆样本，并探索可能影响靶向治疗敏感性的共变异基因。相关结果已于2023年12月发表于Lung Cancer杂志（IF=4.5），本文对此进行简要解读和分享，希望能为医务工作者提供新的科研和临床参考，造福更多肺癌患者。

背景

MET扩增是非小细胞肺癌（NSCLC）MET信号通路异常激活的主要原因，发生在15-20%的间变性淋巴瘤激酶重排（ALK+）NSCLC中，且导致ALK+ NSCLC对ALK TKI的继发性耐药。回顾性研究表明，部分MET扩增ALK TKI耐药的患者可从ALK和MET联合靶向治疗中获益。然而，不同患者对ALK和MET联合靶向治疗的反应各异。既往研究也发现，MET扩增EGFR突变阳性NSCLC患者对EGFR和MET联合靶向治疗的反应率为30-50%，且MET高度扩增患者敏感性最佳。此外，共突变基因也会影响MET扩增NSCLC患者对多种靶向治疗的反应。

为了更好地了解MET扩增ALK+ NSCLC的分子异质性和共突变基因，本研究分析了50多例ALK+ MET继发性扩增NSCLC患者的组织和血浆样本，并探索可能影响靶向治疗敏感性的共变异基因。

结果

队列信息

组织队列包括从15例对ALK TKI获得性耐药患者肿瘤进展后收集的17份组织活检样本（表1、图1）。组织队列中患者大多数没有吸烟史（n=11，73%）。所有患者在病程中都接受了第二代ALK TKI治疗，7例（46%）患者在洛拉替尼治疗期间肿瘤进展，此后初次组织活检检出MET扩增。大多数（n=13，87%）组织学类型为腺癌。

本研究包含两个血浆队列（图1）。血浆队列1纳入来自48例MET扩增ALK+ NSCLC患者的62份血浆样本，这些样本是通过检索Guardant360临床数据库所获得。由于无法鉴别Guardant360数据库中患者身份信息，无法获得有关临床病理特征和治疗史信息。血浆队列2是通过常规Guardant360检测获得的患者去识别数据，包含非MET扩增ALK+ NSCLC患者的1500多份血浆样本。

图1、研究人群，血浆和组织队列组成流程图

表1、组织队列患者的活检发现

组织活检样本中的MET拷贝数

研究者首先分析了从15例MET扩增ALK+ NSCLC患者中获得的16份组织标本，以评估活检样本中MET拷贝数范围（表1），其中包括一例患者的两份活组织标本，该患者在ALK TKI治疗进展时同时收集了胸腔积液和腋窝淋巴结标本。16例活检标本中有12例（75%）检测到高水平的MET扩增（定义为总体MET/CEP7比值≥5，即50个肿瘤细胞的平均比值），其余4例活检标本总体MET/CEP比值在2.2-4.9之间。在12例MET高水平扩增样本中，6例（50%）的总体MET/CEP7比值≥25。此外，还有1份在MET靶向治疗进展后获得的纵向活检样本被排除在本分析之外。

为了评估不同治疗背景下MET拷贝数的肿瘤内异质性，研究者评估了全部17份组织活检标本单个肿瘤细胞中的MET/CEP7比值（图2-3）。该17份样本中，8例MET/CEP7比值≥25、5例MET/CEP7比值在5-24之间，4例MET/CEP7比值在2.2-4.9之间。在MET/CEP7比值≥25的8例活检标本中，不同细胞MET/CEP7比值是均匀的，每个细胞MET/CEP7比值都均≥25。然而，大多数总体MET/CEP7比值在5-24之间的样本（n=4/5，75%）不同细胞MET/CEP7比值存在明显差异。例如，1例肝活检样本（图3中的#7）的总体MET/CEP7比值为7.3，但单个细胞的范围为2.5至≥25。在另一份样本中（图2中的#12），存在局灶性MET扩增和多倍体畸形。此外，所有4例总体MET低水平扩增（总体MET/CEP7比值<5）的活检样本中都同时存在MET非扩增细胞和高水平扩增细胞（图2-3）。总的来说，上述研究结果提示ALK+ NSCLC患者活检样本中MET拷贝存在肿瘤内异质性，即使在总体MET低扩增水平患者中，也有部分肿瘤细胞携带高水平MET扩增。

图2、单个肿瘤细胞中的MET/CEP7比值

图3、MET基因拷贝数的肿瘤内异质性

血浆样本中的MET拷贝数

纳入本研究的4例MET扩增ALK+ NSCLC患者留有配对的组织和血浆样本，血浆中的MET拷贝数低于对应的组织标本。为了评估更大规模血浆队列中MET拷贝数范围，研究者检索了Guardant360数据库，确定了48例同时存在ALK重排和局灶性MET扩增患者的血浆样本（血浆队列1，图1）。在这些血浆样本中，血浆MET拷贝数在2.1-16.4之间（图4）。在48例Guardant360数据库血浆样本中，28例（58%）MET拷贝数在2.1-3之间，只有8例（17%）患者的血浆样本MET拷贝数≥5。该结果表明，血浆样本中MET拷贝数的总体分布范围明显比组织样本更小，特别是MET高水平扩增样本。

图4、MET扩增ALK+ NSCLC血浆样本MET拷贝数和共突变数据

MET扩增ALK+ NSCLC分子图谱

为了评估MET扩增与共突变对ALK+ NSCLC耐药的影响，研究者进一步分析了血浆和组织样本中的分子图谱。ALK激酶域方面，所有组织标本均不含ALK激酶结构域突变，9份（19%）血浆样本同时携带MET扩增和ALK激酶结构域突变（图4）。在3例（33%）ALK突变与MET扩增共存的样本中，血浆检测到的ALK突变为L1196M守门人突变，但该突变与ALK TKI耐药无关。

接下来，研究者分析了血浆样本的分子图谱，以确定最常见的共变异基因（图4）。血浆样本中突变发生率≥10%的基因包括TP53（81%）和ATM（10%），扩增发生率≥10%的基因包括MYC（21%）和EGFR（17%）。除了上述常见的共变异基因外，与耐药潜在相关的共变异包括KRAS G12D（n=1）和NRAS G12D（n=1）。研究者进一步评估了上述基因在1500多份MET非扩增ALK+ NSCLC血浆样本扩展数据集中共变异的发生频率。MYC扩增（21% vs 3%，p < 0.001）、EGFR扩增（17% vs 4%，p < 0.001）和TP53突变（81% vs 45%，p < 0.001）在MET扩增ALK+血浆样本中检出率更高，提示这些变异更可能在MET扩增ALK+ NSCLC中富集。

已有报道不同的EML4-ALK融合变异体可能与ALK激酶结构域突变发生倾向性不同。研究者进一步探索了不同EML4-ALK变异体在MET扩增NSCLC中的发生率，11个组织活检样本检测到的EML4-ALK融合变异体（表1）包括变异体1（n=6）、变异体3（n=2）、变异体5（n=2）和变异体8（n=1）。MET扩增ALK+血浆队列中，36例样本可获取融合伴侣和EML4-ALK变异体信息，其中34例样本检出EML4-ALK融合，其余2例样本的融合伴侣为KLC1和KIF5B。在血浆样本中检出的EML4-ALK变异体及频率如下：变异体1（n=17），变异体2（n=2），变异体3（n=11）和其他（n=4）。总体而言，在51%（n=23/45）可评估的MET扩增组织和血浆样本中检出EML4-ALK变异体1。

结论

本研究结果证实，MET扩增ALK+ NSCLC中高水平MET扩增发生率较高，并常与提示侵袭性生物学和不良治疗结局的基因变异共同发生，这可能从分子层面解释了已发表研究中ALK和MET联合靶向治疗效果欠佳或存在明显个体差异的原因。

本文主要参考Dagogo-Jack I, Kiedrowski LA, Lennerz JK. Molecular heterogeneity and co-altered genes in MET-amplified ALK-positive lung cancer: Implications for MET targeted therapy. Lung Cancer. 2023;186:107383. doi:10.1016/j.lungcan.2023.107383.

CN-145087
声明：本材料由阿斯利康提供，仅供医疗卫生专业人士参考

责任编辑：肿瘤资讯-Bear
排版编辑：肿瘤资讯-Shiro