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【2022 ASCO GI】新抗原可预测上胃肠道肿瘤免疫微环境T细胞浸润特征

2022年01月20日

编译：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

作为消化道领域的重磅国际学术会议，2022年美国临床肿瘤学会胃肠道肿瘤研讨会（ASCO-GI）将于2022年1月20日~22日隆重举行，会议将公布多项消化道系统肿瘤领域重要研究进展。在食管和胃癌专场上，一项研究探索了重复性新抗原在上胃肠道（GI）肿瘤患者中的特征和作用。

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研究背景

新抗原是来自于肿瘤特异性体细胞突变的短肽，可结合HLA分子，提呈至细胞表面，活化免疫系统。自体T细胞对新抗原的识别可提高错配修复缺陷（MMRd）/高度微卫星不稳定（MSI-H）患者对免疫检查点抑制剂的敏感性。T细胞的新抗原靶向反应也可见于微卫星稳定（MSS）患者。研究旨在全面评估上GI肿瘤的新抗原谱，发现重复性免疫原性潜在新抗原。

研究方法

600例肿瘤样本进行DNA（全外显子）和RNA（全转录组）二代测序（NGS）检测，包括268例食管癌（EC），211例胃癌（GC），121例胃食管结合部（GEJ）癌。MSI状态由MMR蛋白免疫组化和/或NGS确定。在免疫表位数据库中，使用NetMHCpan v4.0方法分析携带检测突变的翻译后肽序列以进行免疫表位预测，使用arcasHLA分析HLA基因型。免疫/基质细胞丰度使用微环境细胞群计数方法定量。分析基因转录后特征以预测免疫治疗反应（T细胞浸润特征，TIS）。

结果

患者中位年龄66岁（范围：22-90），72.8%为男性，33.7%标本为转移灶活检标本。EC，GC和GEJ的MMRd/MSI-H率分别是2.2%，12.4%和2.5%。患者特异性HLA等位基因中，共发现1172个可预测结合水平亲和力的独特重复性新抗原（EC 317个，GC 786个，GEJ157个），分别有442个和552个新抗原独立和MSS和MSI-H肿瘤相关。

在所有癌症类型中，肿瘤微环境更高的阳性TIS评分和免疫及基质细胞丰度相关，大多数为细胞毒淋巴细胞和单核细胞（r＞0.80，P＜0.0001）。MSS EC中，和最高平均TIS评分相关的重复肽来自于TP53（R248W，2个肽：2.8%/3.2%）和CUX1（L162F，1.6%）；MSS GC中来自于REL（D318A，2.3%）和ERBB2（V842I，1.2%),MMRd/MSI-HGC中来自于MSH3（K383fs，36%）和ASXL1（G645fs，24%）； MSS GEJ 中来自于HOXD12(A70-A71dup,2.8%)以及TP53 （248Q，3.7%）。

结论

这是关于重复性新抗原在上GI肿瘤中的最大规模研究。研究发现MSI和MSS肿瘤中具有高度HLA结合亲和力的重复肽以及和阳性TIS特征的相关性，支持重复性新抗原作为潜在肿瘤免疫治疗靶点的作用。

附相应幻灯，以供参考

参考文献

Francesca Battaglin, et al. Identification and characterization of recurrent neoantigens in upper gastrointestinal (GI) cancers. ASCO-GI 2022 abs 246.

责任编辑：肿瘤资讯-Joe
排版编辑：肿瘤资讯-Shirley