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【2019ASH大咖谈】潘静医生：NGS监测CAR-T细胞治疗全程基因变化、提早干预，有望减少复发

2019年12月20日

整理：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

2019年12月7日，第61届美国血液学会（ASH）年会在美国奥兰多盛大开幕。12月9日下午，北京博仁医院的的潘静医生现场口头报告了“治疗前临床及遗传学因素对r/r B-ALL患者CAR-T细胞治疗的长期预后影响”的研究结果，这是一项来源于实践、通过研究解决问题指导实践的研究，具有重要的临床意义。【肿瘤资讯】特邀潘静医生在大会发言后进一步解读这项研究的内容与现实指导意义，并展望了下一代测序（NGS）监测微小残留病（MRD）在嵌合抗原受体T细胞（CAR-T）治疗中的作用。

潘静

副主任医师医学硕士

北京博仁医院儿童血液病区副主任医师医学硕士。从事儿童血液科临床工作多年，积累了丰富的临床及科研经验。在儿童白血病的化疗，儿童先天性骨髓衰竭综合征和CAR-T细胞免疫治疗等方面积累了丰富的临床经验，目前每年进行CAR-T治疗难治复发B系淋巴细胞白血病数十例，疗效在国际处于先进水平。

标题：Association of Genetic Factors with Long-Term Outcome in Refractory r/r B-ALL Patients after CAR T-Cell Therapy
摘要号：750
时间：12月9日, 4:00 PM
地点：W224ABEF, Level 2 (Orange County Convention Center)

Oral 750研究详情

研究背景

虽然多数难治复发急性B淋巴细胞白血病（r/r B-ALL）在CD19或CD22 CAR-T细胞治疗后可获得完全缓解（CR），但更长随访后许多患者复发。为了预测和预防复发，了解影响CAR-T治疗长期疗效的临床和生物学因素至关重要。采用下一代测序（NGS）技术，招募90例r/r B-ALL进行339个突变基因检测，旨在确定基因突变是否以及如何影响CD19和/CD22 CAR-T细胞治疗患者的缓解时间。

研究方法

2017年11月至2019年6月，90例儿科r/r B-ALL患者纳入研究，其中39例接受了CD19 CAR-T细胞治疗，20例接受了CD22 CAR-T细胞治疗，31例接受了序贯CD19和CD22 CAR-T细胞治疗。采用ILLumina测序方法对339个与血液病相关的体细胞基因突变进行检测，招募时和疾病复发时均进行了检测，平均测序深度大于3000×。NGS的敏感性为变异等位基因频度（VAF）0.01%，突变频度超过3倍时纳入分析。研究同时还分析了复杂染色体畸变、高频融合基因与缓解持续时间的关系。

研究结果

85/90例患者CAR-T细胞治疗后获得完全缓解，85例患者的18个月EFS率为52.2%（95%CI，36.5～67.9），桥接移植患者43例。21/85例患者复发，中位复发时间6个月（1～12）。6/85例患者死于其他原因。19/85持续缓解，定义为至少缓解1年，包括11例桥接移植患者。73例患者中发现了83个体细胞基因突变（中位2个突变/患者；范围：0～18），24种突变超过3倍，包括TP53、NRAS、KRAS、CREBBP、KMT2D、KMT2C、NR3C1、EZH2、IKZF1、PTPN11、NF1、CDKN2A、ETV6、KIT、KDM6A、STAG2、NOTCH1、ANKRD26、TERT、SETD2、KDM6B、ARID1B、SETBP1和VEGFC。

比较复发患者与持续1年以上缓解患者的基因突变，发现携带2个以上突变基因患者具有较高的复发风险（p=0.008）。TP53突变是可持续缓解的不良预测因素（p=0.003），TP53基因突变是复发时的主要基因改变，VAF范围0.55%～95.03%。复发时容易观察到许多新的衍生基因突变，可能是CAR-T细胞压力下产生，有助于复发。研究还发现FCM-MRD和E2A-HLF融合基因是持续缓解的不良预测指标（P=0.000和0.024）。此外，多数复发患者的B细胞功能恢复，明显不同于没有桥接移植仍持续缓解的患者（p=0.001），表明CAR-T细胞监测功能的丧失。

结论

CAR-T细胞输注前，多数r/r B-ALL有超过１个的基因突变，复杂基因突变（＞2）提示复发风险更高，TP53突变是持续缓解的不良预测指标，是复发时的主要改变，复发时发现许多新的基因突变。因此，监测CAR-T细胞治疗过程中的基因突变可以预测复发的发生率，并给出适当的干预措施以防止复发。

潘静医生现场点评

基因突变影响CAR-T细胞治疗结果

潘静医生：本次在ASH会议上报道的是一项回顾性研究，当时发起这项研究的原因是因为我们一直在开展有关CAR-T细胞治疗的临床研究，而且是四项临床研究同时进行。这些CAR-T细胞治疗的患者，部分是桥接移植，部分则是续贯CAR-T细胞治疗。研究过程中常常会有患者咨询什么情况下必需桥接移植，什么情况下无需桥接移植而是选择其他治疗。正是基于这些问题，经过一定时间积累后，我们对所有CAR-T研究中的患者人群进行了基因分层分析，结果发现了一定的规律：首先提示具有高危因素患者的治疗方式不同于无高危因素患者；其次在复发机制方面也有一些发现，目前CAR-T细胞治疗后主要有两大复发类型，有些基因突变与其中一种复发类型明显相关。上述研究结果可以指导后续治疗，这也是这项研究的主要目的。

基因突变监测对提早干预减少复发意义重大

潘静医生：基因突变对于CAR-T细胞治疗具有一定的影响。首先，有些基因突变明显与某些抗原突变相关，提前筛选这些基因突变可以帮助患者提早选择后续治疗方案，这一点非常重要；其次，每个患者都有自己的基因谱，基因谱的不同意味着基因突变程度不同，与患者最后的转归具有相关性。当患者携带很多基因突变时，对CAR-T细胞治疗的影响很大，如果提早知晓基因谱变化，则有可能提早干预。目前全球已经开始进行NGS监测MRD，可以把基因突变纳入MRD监测体系里，以更早期的预测复发，进行更早的干预，避免复发的出现。

CAR-T细胞治疗中采用NGS监测是大势所趋

潘静医生：我个人认为NGS技术在CAR-T细胞治疗中的应用是一个大方向，而且不仅限于CAR-T细胞治疗。目前，急性髓系白血病已经建立了NGS检测MRD的工作流程，我们医院（北京博仁医院）现在也开始NGS监测，主要用于CAR-T细胞治疗过程中，通过监测驱动基因的变化发现疾病复发态势，并且较流式检测方法更早，进而更早的进行干预，以减少复发。

我们的研究是一项系列性工作，希望通过这项工作，能找到更多的国内患者特点。由于人种不同，中国CAR-T与国外CAR-T也不一样，因此要在国内自已工作的基础上获取证据以及预测体系等，以便更好地帮助患者，这比使用国外证据更实用、更符合实际。因此，我希望通过更多努力，早日取得更多成果。虽任重而道远，但会不懈前进。

参考文献

https://ash.confex.com/ash/2019/webprogram/Paper121836.html