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2025 ASCO丨平滑肌肉瘤新型亚型的空间转录组学鉴定与微环境解析

05月23日
编译:肿瘤资讯
来源:肿瘤资讯

专场:【Oral Abstract Session】Sarcoma

摘要号:11508

英文标题:Spatial transcriptomic profiling from over 300 leiomyosarcoma samples. 

中文标题:300余例平滑肌肉瘤样本的空间转录组学分析

第一作者:Ryan Denu(得克萨斯大学安德森癌症中心)

研究背景

平滑肌肉瘤(LMS)是一种起源于平滑肌的恶性肿瘤,具有显著异质性,针对复发/转移性疾病的治疗选择有限。缺乏可靶向的驱动突变及预后和预测性生物标志物,阻碍了LMS患者的临床管理。亟需深入理解LMS的生物学特性并开发新型疗法。单细胞RNA测序(scRNA-seq)的进展为解析多种癌症亚型的瘤内异质性提供了新视角,但组织解离过程会导致空间信息丢失。空间基因表达分析基于scRNA-seq技术,可揭示组织结构、细胞间相互作用、微环境及细胞状态等关键信息。目前该技术在肉瘤领域的应用仍十分有限。

研究方法

我们对16例未经治疗的原发性LMS样本(包括12例软组织LMS和4例子宫LMS)进行了单核多组学测序(snRNA-seq和snATAC-seq)。基于snRNA-seq数据中鉴定的差异表达基因簇,我们设计了包含480个基因的定制panel,以解析这些基因簇的空间关系并进行大规模验证。采用10x Genomics Xenium平台对包含127例独特患者(共计326个组织芯)的LMS组织微阵列(TMA)进行分析,其中33例患者具有匹配的原发性和转移性样本。

研究结果

scRNA-seq数据分析鉴定出两种不同亚型:具有间充质特征的去分化亚型(MES)和富含平滑肌细胞标志物的分化亚型(SMC)。整合snATAC-seq的染色质可及性数据显示,MES亚型中核因子I(NFI)转录因子(TF)基序富集,而SMC亚型中AP-1基序富集。全基因组测序未发现导致这些亚型的明确基因组病因。空间转录组学在更大样本队列中验证了这两种亚型:与snRNA-seq数据一致,多数肿瘤几乎完全由MES或SMC细胞构成。空间关系分析表明,相较于SMC肿瘤,MES肿瘤中免疫抑制性巨噬细胞和耗竭T细胞显著富集。匹配的原发性和转移性肿瘤分析显示,不同病灶部位的亚型(MES或SMC)通常保持一致。

研究结论

本研究鉴定出由不同转录因子驱动的两种新型LMS亚型(MES与SMC)。空间转录组学分析在更大规模队列中证实了这两种亚型的存在,并揭示MES肿瘤与更具免疫抑制性的肿瘤微环境相关。

责任编辑:古木
排版编辑:古木

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评论
05月24日
杨雪
西安医学院附属宝鸡医院 | 放疗科
空间关系分析表明,相较于SMC肿瘤,MES肿瘤中免疫抑制性巨噬细胞和耗竭T细胞显著富集。