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Nature子刊 | 王跃祥、曹晖教授团队发表研究揭示胃肠间质瘤（GIST）基因组与转录组全景图

11月08日

整理：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

近日，中国科学院上海营养与健康研究所王跃祥教授、上海交通大学医学院附属仁济医院曹晖教授等研究团队和华大基因，在Nature子刊（Nature Communications，IF 14.7）上发表了重要成果。该研究通过对105例患者的117个胃肠间质瘤（GIST）样本进行多组学整合分析，系统地描绘了GIST的基因组和转录组全景图。研究揭示了GIST的分子遗传特征，发现了新型抑癌基因YLPM1，并提出了具有不同基因组特征、表达谱、免疫特征和临床特征的4种分子亚型（C1、C2、C3、C4），为GIST的精准诊疗提供了新思路和方向。

胃肠间质瘤（GIST）是最常见的肉瘤类型，主要起源于胃或小肠，其发病主要由KIT（75%~80%）或PDGFRA（5%~10%）基因的激活突变引起。GIST的临床表现差异明显，有些低风险病变可能多年保持稳定，而其他病变则可能快速发展为转移性疾病。目前，临床上主要采用酪氨酸激酶抑制剂（TKIs）进行治疗，包括一线药物伊马替尼、二线药物舒尼替尼、三线药物瑞戈非尼和四线药物瑞派替尼，以及针对PDGFRA的一线药物阿伐替尼。然而，晚期患者不可避免地会产生TKI耐药，导致预后不良。虽然既往研究已经发现了DEPDC5、DMD、MAX、SETD2和SDH等基因的体细胞改变，但仍缺乏对GIST系统性的基因组和转录组研究。

GIST肿瘤突变负荷低，但存在广泛拷贝数变异，侵袭性GIST基因组异常更多

本研究对105例患者的117个GIST样本（包括31个低风险、18个中风险、29个高风险、34个转移性和5个新辅助治疗病例）进行了全基因组测序（WGS）、外显子组测序（WES）和全转录组测序（WTS）的整合分析。研究发现，GIST虽具有较低的肿瘤突变负荷，但存在广泛的拷贝数变异。侵袭性GIST比低/中风险GIST具有更多的基因组异常，包括复杂的基因组改变、染色体碎裂（chromothripsis）和突变阵雨（kataegis）等特征。

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新型抑癌基因YLPM1

特别重要的是，研究发现了新型抑癌基因YLPM1（发生率10.3%），该突变在高风险/转移性GIST中更为常见。功能研究进一步证实YLPM1失活可促进GIST的增殖、生长和氧化磷酸化过程。通过分析个别患者在不同时空条件下的GIST样本，研究还揭示了转移性GIST中存在复杂的肿瘤异质性。

4种分子亚型（C1、C2、C3、C4）

基于以上发现，研究提出了4种分子亚型（C1、C2、C3、C4）。这些分子亚型具有独特的基因组特征、表达谱、免疫特征和临床特征，为制定个体化治疗策略提供了重要依据。

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本研究通过多组学整合分析，系统地阐明了GIST的分子特征，不仅加深了对GIST发病机制的理解，也为临床精准治疗提供了新的思路和方向。研究提出的分型方案和治疗策略，将有助于改善GIST患者的预后。这项大规模分析为GIST的基础研究和临床转化应用搭建了重要桥梁。

参考文献

Xie F, Luo S, Liu D, Lu X, Wang M, Liu X, Jia F, Pang Y, Shen Y, Zeng C, Ma X, Tang D, Tu L, Yang L, Cheng Y, Luo Y, Xie F, Hou H, Huang T, Ni B, Zhuang C, Zhao W, Li K, Zheng X, Bi W, Jia X, He Y, Wang S, Cao H, Wu K, Wang Y. Genomic and transcriptomic landscape of human gastrointestinal stromal tumors. Nat Commun. 2024 Nov 3;15(1):9495.

责任编辑：肿瘤资讯-Marie
排版编辑：肿瘤资讯-Marie

11月11日

李娟

六安市人民医院 | 病理科

胃肠间质瘤（GIST）发病主要由KIT（75%~80%）或PDGFRA（5%~10%）基因的激活突变引起

11月11日

郭东良

滨州市第二人民医院 | 放疗科

好好学习天天向上加油

11月10日

吴耀禄

延安大学附属医院 | 普通外科

胃肠间质瘤（GIST）是最常见的肉瘤类型，主要起源于胃或小肠，其发病主要由KIT（75%~80%）或PDGFRA（5%~10%）基因的激活突变引起。