肺癌领域学术盛会世界肺癌大会（WCLC）即将于2023年9月9日~12日在新加坡召开，8月16日，WCLC官网公布了研究摘要。本期【肿瘤资讯】小编带您抢先一览WCLC小型口头报告专题“Big Data & New Technologies”，关注该领域有哪些新的见解。
肺神经内分泌组学项目的新数据揭示了肺神经内分泌肿瘤的超类癌新变体
讲者：国际癌症研究机构L. Fernandez-Cuesta教授
标题：New Data from the LungNENomics Project Provide Insights on the Supra-Carcinoid Emerging Variant of Lung Neuroendocrine Tumors
研究介绍
我们之前的肺神经内分泌肿瘤组学项目研究（www.rarecancersgenomics.com/lungNENomics/; Alcala Nat Commun 2019）揭示了肺神经内分泌肿瘤的三个分子组别，但仍有几个问题没有得到解答。1.已确定的肺神经内分泌肿瘤分子组的临床意义是什么？2. 3级神经内分泌肿瘤和癌上病变是否相同？3. 肺神经内分泌肿瘤是否会发展为神经内分泌癌？为了提供确切的数据来回答这些问题，我们现已收集了350多例肺神经内分泌肿瘤病例，其中包括非典型亚型、新鲜冷冻材料、匹配的正常样本、多区域取样以及详细的临床和流行病学注释。
研究方法
我们纳入了以下数据，包括：200多个样本的WGS、RNA测序和DNA甲基化阵列数据；60份样品的数字空间蛋白质组学；四种上类癌的视觉空间基因表达对26例患者(n=55个样本)进行多区域测序，对10例患者进行患者源性肿瘤类器官测序，对300例肿瘤进行深度学习定量组织病理学图像分析。
研究结果
多组学分析确定了之前检测到的三个分子群，并发现了17个超癌细胞，它们似乎形成了第四个群，这表明肺大细胞神经内分泌癌是一个具有分子特征的独立实体。虽然这些簇是自成一体的，但存在中间分子特征，整体为一个动态过程。事实上，癌上病变的类器官模型显示，由于反复的选择性扫描，肿瘤内的多样性快速更替。数字空间图谱分析对浸润敏感区的盲选表明，癌上病变的肿瘤浸润程度更高。最后，初步的分子和组织学观察表明，癌上病变可能具有新出现的3级肺神经内分泌肿瘤变体的形态特征。
研究结论
尽管分析还在进行中，但肺肺神经内分泌肿瘤组学项目研究的初步数据已经为解决肺神经内分泌肿瘤的未解之谜提供了关键信息。
从浸润前到浸润性肺腺癌的蛋白质基因组进化图谱
讲者：复旦大学上海肿瘤防治中心 Y. Zhang教授
标题：Evolutionary Proteogenomic Landscape from Pre-invasive to Invasive Lung Adenocarcinoma
研究介绍
肺腺癌遵循从浸润前到浸润性的逐步进展。然而，在肺腺癌的肿瘤发生和从浸润前到浸润性进展的分子事件驱动方面，仍然存在知识空白。
研究方法
此项研究中，我们对98例浸润前肺腺癌和99例浸润性肺腺癌进行了全面的蛋白质基因组学分析，包括全外显子测序、RNA测序、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学分析。
研究结果
表皮生长因子受体（EGFR）突变已经出现在浸润前阶段，而TP53突变则主要出现在浸润性腺癌中。EGFR突变在浸润前阶段与MAPK7的高表达有关，而EGFR突变在浸润阶段与CSNK2A1和MTOR的上调有关。chr4q12的缺失通过下调有丝分裂相关基因SPATA18，促使腺癌从浸润前发展到浸润期。体外和体内功能分析都证实了SPATA18下调在从浸润前阶段向浸润阶段过渡过程中的作用。蛋白质组数据揭示了正常肺组织（生物过程）、浸润前（补体激活和血液凝固）和浸润性腺癌（TCR信号转导和经典致癌途径）中的多种富集途径。免疫分析表明，从浸润前腺癌到浸润性腺癌，免疫微环境由"热 "转 "冷"，免疫疗法易受其影响。无监督聚类确定了三种蛋白质组亚型，它们具有不同的分子背景，代表了肿瘤进展的不同阶段。
研究结论
总之，这是第一项综合蛋白质基因组研究，描述了从侵袭前肺腺癌到侵袭性肺腺癌癌的分子结构和特征，指导了预防、早期发现和精确治疗这种疾病的途径。
克隆播种在肺癌转移中的模式和预后价值
讲者：广东省中山市人民医院心胸外科，南京世和基因生物技术股份有限公司，广东省人民医院癌症研究所 W-F. Tang教授
标题：The Patterns & Prognostic Value of Clonal Seeding in Lung Cancer Metastasis
研究介绍
癌症转移是癌症死亡的主要原因。虽然转移的克隆进化已在多种类型的癌症中得到研究，但其在肺癌中的预后作用尚未阐明。
研究方法
我们回顾性分析了来自57名淋巴结、胸膜、骨、肾上腺、脑或肝转移的治疗无效肺癌患者的199份样本的单区域或多区域全外显子组测序数据。其中包括57例原发肿瘤和76例配对转移瘤。我们探讨了克隆播种模式及其预后差异。
研究结果
不同肿瘤样本的克隆突变比例各不相同，中位数为69.8%。与配对原发肿瘤相比，除了淋巴结转移瘤的总突变数增加（P=0.026）和克隆突变比例降低（P=0.045）外，不同部位的转移瘤通常表现出与配对原发肿瘤相似的突变负荷和克隆事件比例（图A-B）。淋巴结转移（17/24，70.8%）和胸膜转移（15/18，68.2%）中常有多克隆播散，但远处转移（22/34，64.7%）中较少见（图C-D）。此外，我们还发现，与多克隆播种相比，治疗无效患者的单克隆播种总生存率更低（P=0.0026）（图E），这与年龄、性别、转移部位和淋巴结转移等人口统计学和临床因素无关（图F）。
研究结论
我们的研究结果表明，肺癌转移的克隆播种模式可能有助于预测预后和绘制癌症扩散路线。
多指标综合分析揭示早期高级别肺腺癌不同预后的分子亚型
讲者：北京大学肿瘤医院B. Liu教授
标题：Integrative Multi-Omics Analyses Reveal Molecular Subtypes with Distinct Prognosis of Early-Stage High-Grade Lung Adenocarcinoma
研究介绍
肺腺癌（LUAD）具有显著的组织学异质性。2020年，国际肺癌研究协会（IASLC）病理委员会提出了新的侵袭性LUAD分级系统，早期侵袭性LUAD被分为三级，其中高级别形态（实变、微乳头状和复合腺体）占总比例20%或以上者被列为3级。努力阐明早期高级别 LUAD的分子图谱将为全面了解这一特殊实体的分子机制、制定更精确的策略和预后生物标志物奠定基础。在本研究中，我们利用101例早期高级别LUAD肿瘤及其配对的正常组织的基因组、转录组和表观基因组数据进行了综合组学分析。
研究方法
我们纳入了2012年7月至2017年12月在北京大学肿瘤医院胸外科二病区接受根治性切除术的101例病理T1-3N0M0高级别LUAD患者。对这些患者进行了全外显子组测序（WES）、转录组测序和全基因组亚硫酸氢盐测序（WGBS）。
研究结果
我们获得了98例患者的WES和WGBS数据以及82例患者的转录组数据，其中79例患者获得了三种组学数据。基因组分析表明，与未入选的 LUAD 群体相比，高级别LUAD表现出相似的单核苷酸变异（SNV），而复发性患者则表现出突出的拷贝数变异（CNV）。接下来，对WGBS和转录组数据的综合分析发现了三种分子异质性亚型，分别被命名为：免疫激活型（IA）、基因组不稳定性型（GI）和中间型（IM）。这三种亚型表现出不同的分子特征和预后。免疫激活（IA）病例表现为高免疫浸润，预后优于其他两种亚型。GI病例表现出突出的非整倍体和CNV，预后较差。
研究结论
我们的研究揭示了这一特殊实体的综合特征，并确定了具有不同预后的分子亚型，为精确治疗和术后监测提供了便利。
TRACERx研究中肺腺癌从原发肿瘤到转移瘤的生长模式演变
讲者：伦敦弗朗西斯-克里克研究所T. Karasaki教授
标题：Growth Pattern Evolution of Lung Adenocarcinoma from Primary Tumour to Metastasis in TRACERx
研究介绍
众所周知，肺腺癌（LUAD）在空间和时间上都表现出形态和基因组的多样性。然而，肿瘤内生长模式时空异质性的基因组基础仍不清楚。
研究方法
来自TRACERx研究（Tracking Cancer Evolution through Therapy）421队列248例LUAD的805个原发肿瘤区域和121个配对转移样本的全外显子组测序（WES）数据与详细的组织病理学分析进行了整合。对每个区域的生长模式进行了注释，并对低级（鳞状）、中级（乳头状和针状）和高级（楔形、微乳头状和实性）模式分别进行了1、2和3的数字评分。利用突变图谱推断了65例转移克隆的系统发育。根据系统发育分析，每个原发肿瘤区域被分为播种转移区和非播种转移区。播种区域被定义为原发肿瘤区域携带转移播种克隆，播种克隆被定义为原发肿瘤和转移瘤之间最新的共享克隆。比较播种区和转移灶之间的生长模式、染色体复杂性和克隆多样性。
研究结果
转移样本包括原发手术时切除的淋巴结（83个）和肺内转移灶（2个），以及随访期间采集的复发部位样本（36个）。与原发肿瘤中的非播散区相比，播散区往往表现出更高等级的生长模式，但差异未达到统计学意义（P=0.096）。相比之下，转移区域的分级高于匹配的播种区域（P<0.001）。转移灶的高等级模式表现为基因组中杂合性缺失（FLOH）的比例增加，以及区域内克隆多样性降低，这可能反映了近期亚克隆的大规模扩增。有六名患者在切除时或随访期间出现了测序过的肺转移灶，所有这些患者的原发肿瘤都显示出 "通过气隙扩散"（STAS）的结果。系统发育分析显示，所有六例患者都出现了晚期转移分化，即转移克隆在原发肿瘤内最后一次完全克隆扫描后出现分化。
研究结论
与原发病灶的播种区域相比，转移病灶的分级模式更高，其基础是FLOH和亚克隆扩增的增加。转移灶中较高的分级模式可能反映了针对转移克隆存在较强的选择压力。STAS与晚期转移分化有关，这表明获得通过气道转移的能力可能是LUAD演化过程中的晚期事件，或者说在演化早期获得通过气道转移能力的肿瘤在该手术队列中可能很少见。
通过全长ScRNAseq鉴定肺腺癌（LUAD）中肿瘤特异性单核苷酸变异和肿瘤内异质性
讲者：加拿大达尔豪斯大学P. Marignani教授
标题：Identification of Tumor-Specific Single-Nucleotide Variants and Intratumor Heterogeneity in LUADs by Full Length ScRNAseq
研究介绍
肺癌占加拿大所有新诊断癌症的一半以上，主要与吸烟行为有关。2022年，30000名加拿大人被诊断出患有肺癌，20700人死于此病。从不吸烟者的肺癌（LCINS）约占病例的25%，导致肺癌的因素有很多，如二手烟、暴露于环境污染物、氡和职业暴露等，而曾经吸烟者（以下简称吸烟者）的肺癌则主要与吸烟行为有关。尽管LCINS和吸烟者的病因不同，但肺癌仍是加拿大人因癌症死亡的主要原因。我们研究的总体目标是在单细胞水平上确定吸烟者转录组特征的差异。
研究方法
Fluidigm C1全长单细胞RNA测序（FL-scRNA-seq）对治疗无效的女性和男性LCINS患者及吸烟者新鲜切除的肺肿瘤/患者配对的邻近正常肺组织进行制备，然后检测差异表达基因（DEG）和细胞群。通过大量RNA测序和全外显子组测序，确定了肿瘤特异性单核苷酸变异(snv)和肿瘤内转录组异质性。
研究结果
我们在对DEGs进行FL-scRNA-seq分析后生成的全长cDNA测序数据集中预先进行了SNV检测变异分析。我们发现的SNV是新的，而且是LUAD早期和晚期所特有的。值得注意的是，在DEG中检测到的新eSNV尚未在两个最大的变异数据库（COSMIC和dbSNP）中登记。例如，在早期LUAD中，肿瘤细胞中检测到的86401个eSNV中，有39754个eSNV是新的，更重要的是，其中302个是新的非同义SNV。接下来，我们探索是否存在细胞类型特异性eSNV。通过对单个细胞/细胞群中的eSNV进行基因分型，我们发现了细胞类型特异性eSNV，例如，在早期LUADs肺泡成纤维细胞、纤毛细胞和俱乐部细胞中分别发现了115个、71个和71个新的非同义SNV，而在晚期LUADs中分别发现了212个、135个和113个新的非同义SNV。对转录组肿瘤内异质性（ITH）进行了测量，以显示基于熵的蛋白-蛋白相互作用网络模糊距离的程度。对我们的FL-scRNAseq数据集进行的转录组ITH分析表明，从患者配对的正常肺细胞到晚期LUADs的nJSD距离（58.98x10-3）比早期LUADs的nJSD距离（2.13x10-3）高出约28倍。这种测量方法基于一种信息理论，即随着肿瘤的生长，肿瘤微环境会逐渐变得更加异质，从而增加对蛋白-蛋白相互作用网络的干扰，而这种干扰与肿瘤中异常基因表达模式有关。
研究结论
我们发现了新的肿瘤特异性SNV，这些SNV在两性之间是独一无二的。这些新发现的SNV将成为生物标志物面板的基础，用于肺癌的早期检测。我们的长期目标是改变肺癌患者对肺癌的看法。
肺癌相关成纤维细胞的三个亚群决定了肿瘤进展、治疗耐受性和患者预后
讲者：上海胸科医院 X. Weijiao教授
标题：Three Subsets of Lung Cancer-associated Fibroblasts Define Tumor Progression, Therapy Resistance and Patient Prognosis
研究介绍
癌症相关成纤维细胞（CAFs）是肿瘤微环境中常见的基质细胞。它们分泌生长因子、细胞因子和细胞外基质成分，有助于肿瘤细胞的生长、转移、血管生成和免疫逃避。了解CAFs的行为和功能对于开发针对肿瘤微环境的新疗法和改善癌症患者的预后至关重要。最近的研究表明，CAFs具有高度异质性，不同的亚群在肿瘤发病机制中发挥着不同的作用。例如，αSMA高的"肌成纤维细胞 CAFs"（myCAFs）以ECM特征为特征，主要位于癌细胞附近；αSMA 低的"炎性CAFs"（iCAFs）表达高水平的细胞因子和趋化因子，距离癌细胞较远；"抗原呈递CAFs"（apCAFs）以高表达MHC II类和CD74为特征，可显著调节肿瘤免疫。虽然对CAFs的研究取得了进展，但对它们在肺癌中的作用以及如何针对它们改善肺癌患者的预后仍有很多未知之处。在这项研究中，我们旨在以单细胞分辨率全面解读与肺腺癌（LUAD）的肿瘤进展、预后和治疗反应相关的特定CAF亚群。
研究方法
我们整合了多个scRNA-seq数据集，以确定与肿瘤分期、患者生存和治疗（表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKIs)和免疫疗法）反应最相关的细胞亚群。此外，在独立的LUAD队列中，进行多重免疫组织化学来验证关键发现。
研究结果
总的来说，LUAD CAFs可被注释为apCAFs、myCAFs、iCAFs和未分类CAFs。我们发现了一个新的巨噬细胞样apCAFs亚群，该亚群高表达MHC II类分子、CD74、成本刺激分子（CD80、CD86、CD83和CD40）以及经典的巨噬细胞标记物（CD68、CSF1R、C1QA、C1QB和C1QC），主要与良好的免疫治疗反应相关。相比之下，我们发现了一个主要存在于早期 LUAD 的myCAFs亚群，命名为 "THBS2(+) myCAFs"，它与最差的免疫治疗反应和最差的生存率相关。此外，我们的分析还发现了一个iCAFs亚群，称为"CXCL14(+)POSTN(+)MYH11(-) iCAFs"，它与表皮生长因子受体抑制剂（EGFR-TKIs）反应最差有关。从生物学角度看，该亚群只存在于晚期LUAD中，很可能通过血管生成和上皮细胞向间质转化促进肿瘤进展/转移。值得注意的是，这些亚群在多个scRNA-seq队列中得到了重现，并在独立的LUAD样本中得到了mIHC的证实。
研究结论
我们的研究加深了人们对LUAD中CAFs异质性的理解（图），揭示了在LUAD中参与不同生物学功能的三个有趣的CAF亚群。
新型 89Zr-anti-PD1 免疫 PET-CT 可预测接受免疫疗法的肺癌小鼠模型对 PD-1 抑制剂的反应
讲者：西班牙纳瓦拉大学 A. Puyalto教授
标题：A Novel 89Zr-anti-PD1 immunoPET-CT May Predict Response to PD-1 Inhibitors in a Lung Cancer Murine Model Receiving Immunotherapy
研究介绍
免疫检查点抑制剂（ICIs）彻底改变了肺癌治疗方法，改善了非小细胞肺癌（NSCLC）患者的生存状况。对接受ICIs治疗的患者进行反应评估是一项挑战，因为肿瘤增大或出现新的病灶可能并不反映真正的疾病进展（P），而是假性进展（PP），据报道，在接受ICIs治疗的NSCLC患者中，假性进展的比例在3-6%之间。传统的18F-FDG-PET扫描无法准确区分假性进展和假性进展。我们最近报道了在 NSCLC 小鼠模型中联合阻断PD-1和Id1的疗效。我们的目的是评估一种用于PET-CT的新型89Zr标记放射性示踪剂，以检测NSCLC小鼠模型中的PP。
研究方法
用C57BL6J和Id1缺陷小鼠的LLC细胞（组成型表达Id1或Id1沉默）生成合成皮下肿瘤，用PBS或市售的抗PD-1（抗-PD-1）单克隆抗体（RPM1-14®，300微克，IP，第7、10和14天）治疗。肿瘤生长和对Id1-PD-1阻断的反应通过18F-FDG-PET摄取进行测量。此外，用89Zr（89Zr-anti-PD-1）标记抗PD-1抗体并分析第15、17和20天的89Zr摄取量可测量TIL浸润。通过免疫组化、多重免疫荧光和 RT-PCR 定量白细胞介素的相对表达来分析肿瘤微环境。
研究结果
18F-FDG摄取量在不同组间无明显差异，低估了治疗引起的真实代谢反应。然而，89Zr-mPET-CT显示，当Id1在肿瘤细胞和肿瘤微环境中均受到抑制，且小鼠接受抗PD-1治疗时，89Zr摄取量明显升高（p=0.0075）。对这些动物的肿瘤组织进行的免疫组化分析和多重免疫荧光显示，免疫CD8+T细胞浸润增加，这是观察到的抗肿瘤反应的原因，并与89Zr信号相关（图）。此外，对白细胞介素表达的分析表明，在肿瘤微环境中抑制了Id1的肿瘤出现了促炎性白细胞介素的上调，有利于T细胞浸润。
研究结论
这项研究支持89Zr-anti-PD-1immuno-PET作为一种安全可行的成像方式，用于正确评估NSCLC中PD-1/PD-L1mAbs的反应。本项研究证实，与Id1完全表达的小鼠（无应答者）相比，Id1完全消减的小鼠（应答者）对89Zr-抗-PD-1的摄取更高。最后，我们的数据证实了89Zr标记的抗PD-1mAbs检测效应CD8+TIL的能力。
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