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非小细胞肺癌中多重RNA为基础的方法检测MET改变（下）

2021年01月27日

整理：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

MET抑制剂在携带MET扩增或14外显子跳跃突变（MET△ex14）非小细胞肺癌（NSCLC）患者中具有活性，但是临床反应存在较大差异，对MET改变的分层和更准确的检测方法可能有助于改善MET抑制剂的疗效。近日，Mol Oncol上的一项研究在474名NSCLC患者中使用RNA为基础检测方法nCounter，联合二代测序（NGS）、荧光原位杂交（FISH）、免疫组化（IHC）和逆转录聚合酶链式反应（RT-PCR）检测MET改变，并探索其和临床获益的相关性，证实定量mRNA为基础的技术有助于改善MET异常的检出。

MET基因的异常活化是NSCLC的驱动靶点。NSCLC中MET扩增的发生率是1%~6%，MET 14外显子跳跃突变（MET△ex14）的发生率是3%~4%。临床上最常见的评估MET基因拷贝数改变的技术是FISH和NGS，而NGS和RT-PCR则是最常用的检测MET△ex14的方法，但是最佳检测方法和分层阈值尚未确定。多重RNA为基础的技术可能可用于MET检测，行研究对比nCounter和标准技术检测的结果。

研究结果及解读

使用nCounter在临床样本中定量MET mRNA表达水平

14/422样本（3.5%）具有非常高的MET mRNA水平，36/422样本（8.5%）为中度升高。log-MET值为单峰分布。15名MET mRNA水平非常高的患者具有很强的IHC染色（≥220），92%（11/12）FISH或NGS检测MET扩增。5名MET mRNA非常高的患者接受了MET-TKI治疗，都具有RECIST标准的PR（图3）。

图3 nCounter定量MET mRNA表达水平。（A）MET mRNA表达中度升高界值。（B）MET单峰分布。（C）MET mRNA水平非常高患者的热图及相应MET△ex14，RT-PCR，NGS，FISH，IHC结果和共突变。

36名MET mRNA水平中度升高的病例中，基因型数据表明同时具有其他基因改变，最常见的是KRAS和EGFR突变，ALK融合，和MET△ex14（每种都是4名，图4）。

图4 nCounter检测MET mRNA水平中度升高的热图。

临床样本中对比MET△ex14 nCounter结果和RT-PCR和DNA为基础的NGS结果

nCounter和DNA为基础的NGS的一致性率达到98.5%，3例不一致样本都是nCounter阳性而DNA为基础的NGS阴性。nCounter和RT-PCR一致率较好（90.2%），所有不一致的病例（n=11）都是nCounter阴性而RT-PCR阳性。这些不一致的病例中的6名经过DNA为基础的NGS分析，所有都未检测到MET△ex14相关突变。结果显示RT-PCR可能不是检测MET△ex14的最合适方法，低水平的MET△ex14转录本可以由于基因组癌基因改变通过错误剪切而无法翻译，这些剪切错误可被RT-PCR检测阳性，但是nCounter，DNA或RNA为基础的NGS检测为阴性。此外，部分病例使用DNA为基础的NGS很难检测到大的基因组缺失，DNA为基础的检测可能漏检MET△ex14。

对比nCounter检测MET表达水平和FISH及NGS检测MET扩增

40例样本具有FISH和nCounter可评估数据。如果使用nCounter非常高的界值，二者具有中至高度一致性。如果使用nCounter中度升高界值，则一致率为50%~70%。DNA为基础的NGS检测MET扩增显示出和MET mRNA水平非常高的完美一致性，达到97.5%。

nCounter和IHC检测MET表达水平的一致性

91例样本可以比较IHC和nCounter定量MET表达水平，IHC和nCounter的一致性较好，IHC阳性可见于中度升高和非常高mRNA水平的病例。

研究结论

研究验证了nCounter可以发现MET△ex14，提示MET mRNA表达非常高是扩增的替代，表明MET mRNA水平和MET-TKI反应的相关性。支持使用mRNA为基础的技术用于多重准确可信的MET改变评估。

参考文献

1. Aguado C, Teixido C, Román R, et al. Multiplex RNA-based detection of clinically relevant MET alterations in advanced non-small cell lung cancer. Mol Oncol. 2020 Nov 25.

仅供医疗专业人士参考

审批编号：CN-72082

有效期至：2021-4-20

责任编辑：肿瘤资讯-MJ
排版编辑：肿瘤资讯-Shelley