首页 > 文章详情

【BMJ综述】||在临床实践中实施TMB检测对执行要求的考虑

2019年02月15日

作者：王一树

来源：“王一树”微信公号

本综述分析了在临床实践中使用TMB测量的因素，提供了对整个样本过程中TMB分析考虑因素的理解，并提出了在临床实践中有效实施TMB分析的原则，以帮助和优化治疗决策。

Highlights：

1. 目前，在研究和临床研究中，TMB评估没有标准化。作为一种影响治疗决策的Biomarker，需要统一TMB评估方法，以获得可靠的、可比较的研究结果；

2. 实施TMB时，关键参数可能会影响方法工作流程、分析结果和数据解释。包括活检样本类型、样本质量和数量、基因组覆盖率、测序平台、生物信息学管线以及决定高TMB的最终阈值判断；

很多研究提示了TMB与免疫治疗疗效相关：

1. 药物包括nivo，ipi，pembro, atezo;

2. 瘤种包括NSCLC，黑色素瘤，膀胱癌，CRC等，其中肺癌、黑色素瘤这样的肿瘤TMB高，更多免疫治疗阳性获益；

3. 检测包括全基因组测序，全外显子测序，大panel的NGS，目前以后者居多且效率高。

TMB作为免疫治疗biomarker的分析：

1. 基于新抗原理论，前边多篇有详细讲述，再次不做过多分析；

2. POLE基因突变，dMMR和MSI-H可能和高TMB相关

不同TMB的检测平台：

1. 目前已经获批的有Foundation Medicine的F1CDx和MSKCC的MSK-IMPACT可以检测TMB，还有许多其他平台也可以检测；

2. 检测的标本有FFPE和血液；

3. 检测数目不同，从几十到100多，300多，400多，500多基因的不等；

4. 检测的基因突变类型也不同。

标准化TMB检测的活检流程：

1. 严格质控：从标本制备，到分析，到生信解读，到出报告标准化；

2. 一次性检测报告其他基因突变，如：ALK，EGFR，ROS，MSI，MMR；

3. 一次性检测各种突变类型，如：点突变，融合，CNS，插入缺失等。

目前的建议包括使用用实体组织样本、使用覆盖率大于0.8 MB（最好大于1 MB）的基因panel，确保报告TMB的信息（包括基因数量、捕获区域、种系减除、突变类型、变体阈值和测序深度）、提供足够的信息。在质量控制方案中同时确保培训相关人员以进行有效的工作流程和分析解释。

参考文献

Büttner R, et al. ESMO Open 2019;4:e000442.doi:10.1136/esmoopen-2018-000442

2019年08月04日

赵志远

广宗县医院 | 肿瘤外科

学习

2019年06月15日

庄育红

东南大学附属中大医院 | 妇产科

POLE基因突变，dMMR和MSI-H可能和高TMB相关

2019年02月16日

邹兰林

景德镇市第二人民医院 | 肿瘤科

标准化很重要，如发生偏差，副面影响很严重。