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在长期保存的FFPE标本中检测NSCLC相关融合基因的可行性

11月13日

整理：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

引言：由于再次活检困难等原因，临床上部分患者难以进行合适的基因检测。若长期保存标本也可用于NSCLC相关融合基因检测，可使得部分患者避免重复活检带来的创伤和风险。目前业界共识是，保存时间不超过三年的标本可用于基因检测和治疗决策指导。然而，仍不确定长期保存的标本是否同样适合基于mRNA的融合基因检测。为此，来自北京大学肿瘤医院的研究团队探索了在长期保存的石蜡标本中检测NSCLC相关融合基因的可行性，研究结果已于2024年ELCC大会上公布，本文对此进行简要解读和分享，希望能为医务工作者提供新的科研和临床参考，造福更多肺癌患者。

背景

非小细胞肺癌（NSCLC）mRNA可用于ALK、RET、ROS1和MET 14号外显子跳跃突变等基因变异的检测。由于mRNA易于降解，因此对检测标本要求严格。目前关于mRNA用于基因变异检测的共识是，保存时间不超过三年的标本可用于基因检测和治疗决策指导。然而，仍不确定长期保存的标本是否同样适合基于mRNA的融合基因检测。本研究评估了基于AmoyDx 11基因PCR平台在检测福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）长期保存标本中融合基因的可行性。

研究方法

研究者于2015年至2022年间收集了119例NSCLC患者的FFPE标本，这些标本在收集时已进行对应靶点的基因测序。本研究再次提取FFPE标本mRNA，用紫外分光光度法测定mRNA浓度，然后基于AmoyDx11基因PCR平台进行融合基因检测。

结果

该研究纳入了此前被检出ALK融合（n=22）、MET 14号外显子跳跃突变（n=16）、RET融合（n=17）、ROS1融合（n=25）和驱动基因阴性（n=39）的标本。根据保存时间，FFPE标本被分为三组：2-3年（n=59）、4年（n=30）和≥5年（n=30）。不同组标本在收集时的驱动基因测序结果如图1所示。

10-图片1.png 图1、不同组标本在收集时的驱动基因测序结果

三组标本之间的mRNA浓度没有显著差异，中位浓度分别为113.6ng/μl（2-3年）、131.9ng/μl（4年）和88.1ng/μl（≥5年）。PCR对所有标本中融合基因成功进行了检测，检出了79例驱动基因阳性患者：ALK融合（n=23）、MET 14号外显子跳跃突变（n=15）、RET融合（n=18）和ROS1融合（n=22）。PCR检测结果与标本收集时测序结果总体一致率为93.3%，不同保存时间组的一致率分别为97.7%（2-3年）、100%（4年）和80.0%（≥5年）。具体检测结果如图2所示。

10-图片2.png 图2、按标本收集时间分组对比标本收集时及当前基因测序结果

结论

无论是否有基线脑转移，与化疗联合帕博利珠单抗相比，塞普替尼可延缓晚期RET+ NSCLC患者的IC病灶进展，并取得更高的IC反应率。这些数据进一步支持塞普替尼作为晚期RET+ NSCLC患者的一线治疗首选方案。

参考文献

本文主要参考Dongmei Lin, et al. Feasibility of detecting NSCLC-associated fusion genes in long-term preserved FFPE samples. 2024 ELCC Abstract #240P; Annals of Oncology (2024) 9 (suppl_3): 1-6. 10.1016/esmoop/esmoop102579。

声明：本文由阿斯利康提供支持，仅供医疗卫生专业人士参考

审批编号：CN-1411985 过期日期2025-1-29

责任编辑：肿瘤资讯-Bear
排版编辑：肿瘤资讯-liguo.zhu