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2023 SABCS：PALLAS（AFT-05）辅助试验中方案定义的生物标志物分析：源自 HR+/HER2- 早期乳腺癌 RNA 测序的基因组亚型

2023年12月05日

编译：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

由 UT Health San Antonio 梅斯癌症中心和 AACR 共同主办的年度活动--2023年圣安东尼奥乳腺癌研讨会（SABCS）年会将于2023年12月5-9日在美国德克萨斯州圣安东尼奥举行。今年是该会议举办的第 46个年头，吸引了来自世界各地的约 10,000 名临床医生和科学家，是乳腺癌研究领域规模最大、最负盛名的科学聚会。近日，会议官方正式公布了最新口头报告的摘要合集。其中一般会议中，美国俄亥俄州立大学综合癌症中心Daniel Stover教授报告了PALLAS (AFT-05) 辅助试验中方案定义的生物标志物分析。【肿瘤资讯】特此整理了摘要内容，与读者分享。

摘要号：GS03-07

讲者：Daniel Stover

中文标题：PALLAS (AFT-05) 辅助试验中方案定义的生物标志物分析：源自 HR+/HER2- 早期乳腺癌 RNA 测序的基因组亚型

原标题：Protocol-defined biomarker analysis in the PALLAS (AFT-05) adjuvant trial: Genomic subtype derived from RNA sequencing of HR+/HER2- early breast cancer

临床试验号：NCT02513394

研究背景

3期PALLAS试验（NCT02513394）比较了II-III期激素受体阳性/人表皮生长因子受体2阴性（HR+/HER2-）乳腺癌患者接受CDK4/6 抑制剂哌柏西利联合联合标准辅助内分泌治疗与单独辅助内分泌治疗的安全有效性。PALLAS 试验方案将根据全转录组 RNA 测序数据测量的基因组亚型（PAM50 内在亚型）定义为用于分析预测和预后的主要生物标志物。临床数据先前已提供（Gnant 等人，JCO 2022），该试验目前已进行 5 年中位随访。

研究方法

作为试验资格的一部分，所有PALLAS参与者在随机化之前提供了肿瘤组织块（样本的获取方式：如果是原发切除术则为手术，如果是新辅助治疗则为核心活检）以便用于转化分析（TRANS-PALLAS）。生物样本库和实验室对身份信息不知情，并按随机顺序处理样本，以最小化偏差。从肿瘤组织足够且细胞率高（>25 mm²，≥20%癌细胞核）的样本中提取核酸。

圣路易斯华盛顿大学基因组测序中心进行了全转录组 RNA 测序。如果总 RNA DV200 >28（安捷伦生物分析仪），则使用 1 µg DNase-1 处理的总 RNA 制备文库，使用 RNA HyperPrep 试剂盒与 RiboErase (HMR) 的无偏文库方案（Kapa Biosystems，Wilmington，MA）。使用 S4 Reagent Kit（Illumina，San Diego，CA）在 NovaSeq 6000 上进行 100 bp 双端测序，每个泳道汇集 48 个文库。使用生物分类器包（Research PAM50 脚本，Parker 等人）确定内在亚型，仅用于分析尚未接受过新辅助治疗的原发性乳腺癌样本人群。

将使用 Kaplan-Meier 图以及组间对数秩检验来可视化无创生存期 (IDFS)。将开发比例风险的 Cox 模型来评估针对已知临床协变量或预测相互作用进行调整的预后。预定义的显著性水平是两侧 0.05。

研究结果

在 5796 名入组患者的总研究人群中，4655 个组织块具有足够的肿瘤含量来处理 RNA，其中 3931 个组织块产生了足够的 RNA 用于测序，2669/4655 (57.3%) 提交的组织块的 DV200 ≥28 并成功测序。临床揭盲显示2370名独特患者（哌柏西利治疗组1182名，对照组1188名）具有根据其未经治疗的原发肿瘤定义的内源性亚型：1555（65.6%）Luminal A，287（12.1%）Luminal B，167（7.0%）HER2过度表达型，310（13.1%）基底样，51（2.2%）正常样。我们将在会议上报告各治疗组的分子亚型、增殖评分和复发风险 (ROR) 评分与侵袭性无病生存 (IDFS) 关联的结果。

研究结论

TRANS-PALLAS 队列代表了最大的 HR+/HER2- 早期乳腺癌生物库之一，反映了前瞻性随机全球试验框架中的当代系统管理。这项 3 期试验中所需提交的肿瘤块，从 41% 的 PALLAS 参与者治疗前原发性肿瘤的无偏全转录组 RNA 测序中获得了数据。Luminal A 癌症的比例出乎意料地高（66%），表明该人群中癌症的风险分布较低。计划中的预测和预后分析正在进行中，这些结果将在会议召开时公布。

参考文献

Daniel Stover, Dominik Hlauschek, Erica Mayer, et al. Protocol-defined biomarker analysis in the PALLAS (AFT-05) adjuvant trial: Genomic subtype derived from RNA sequencing of HR+/HER2- early breast cancer. 2023 SABCS Abstract GS03-07.

责任编辑：肿瘤资讯-Annie
排版编辑：肿瘤资讯-张薪媛