2023年3月份，西班牙巴塞罗那Vall d’Hebron肿瘤研究所Dr.Elena Elez担任通讯作者，Dr.J. Ros担任第一作者，于国际顶尖学术期刊Annals of Oncology（IF:51.769）发表题为“Plasmatic BRAF-V600E allele fraction as a prognostic factor in metastatic colorectal cancer treated with BRAF combinatorial treatments”的原创研究。结果显示，血浆BRAF等位基因分数(AF)对接受BRAF抑制剂治疗的mCRC生存预后具有预测作用1。
BRAF突变型结直肠癌BRAF抑制剂治疗结局具有异质性
BRAF突变型结直肠癌约为所有转移性结直肠癌（mCRC）患者的10%；该类突变与预后不良相关，且对标准化疗反应不佳2。
Ryan B.Corcoran等人的研究表明，与BRAF突变型黑色素瘤相比，接受BRAF抑制剂单药治疗的BRAF V600E突变型mCRC可出现表皮生长因子受体（EGFR）介导的MAPK信号再激活，表达更高水平的磷酸化EGFR，从而发生获得性耐药。因此，BRAF突变型结直肠癌的靶向治疗比BRAF突变型黑色素瘤更具挑战性3。
研究者尝试使用EGFR抑制剂+BRAF抑制剂±MEK抑制剂双药或三药联合解决这一问题，这一探索在BEACON试验中成果尤甚。BEACON试验是一项开放标签的Ⅲ期试验，旨在探索encorafenib联合西妥昔单抗加或不加MEK抑制剂binimetinib对比伊立替康为基础的化疗联合西妥昔单抗在BRAF V600E突变型mCRC的疗效和安全性。
其中，三联组（encorafenib+西妥昔单抗+binimetinib）的确证性总缓解率（ORR）为26.8%，双联组（encorafenib+西妥昔单抗）的确证性ORR为19.5%，对照组（研究者选择的以伊立替康为基础的化疗联合西妥昔单抗）确证性ORR为1.8%。
基于上述疗效结果和支持双药联合的毒性特征，2020年5月，美国食品药品监督管理局（FDA）和欧洲药品监督管理局（EMA）均批准encorafenib联合西妥昔单抗治疗既往至少接受过一种治疗方案的BRAF V600E突变型mCRC患者。
尽管如此，临床上BRAF突变型肿瘤患者的总体预后存在高度异质性。
已有研究证实，包括结直肠癌、非小细胞肺癌、多发性骨髓瘤在内的多种肿瘤中，BRAF或KRAS等特定基因突变的等位基因分数与其临床结局具有相关性。然而，在既往队列的BRAF V600E突变型肿瘤占比较少，且治疗方式并不统一。
回顾性研究提供NGS的替代检测方式：ddPCR
本研究是一项回顾性试验，旨在确定可用于预测接受BRAF抑制剂治疗的BRAF V600E突变型mCRC患者预后的血浆BRAF等位基因分数（AF）临界值。
研究队列
发现（Discovery）队列源于2015年至2020年在西班牙Vall d'Hebron大学医院接受BRAF抑制剂联合EGFR抑制剂±MEK抑制剂治疗的BRAF V600E突变型mCRC患者数据。验证（external validation）队列源于2018年至2021年在意大利及西班牙的三个中心接受治疗的入组患者数据。
入组患者为经组织学（ddPCR或NGS）证实的BRAF V600E突变，具有可用的临床病理学数据、具有使用以BRAF抑制剂为基础的联合治疗前的血浆样本。
BRAF等位基因频率（AF）检测方法
突变等位基因频率（MAF）也称变异等位基因频率（VAF），本试验中研究者聚焦于BRAF等位基因频率。
研究者纳入的队列中，来自临床试验的人群占42%，来自真实世界的人群占48%。
BEACON试验相关分析曾使用下一代基因测序（NGS）检测VAF4。
在此，研究者提供了微滴数字聚合酶链反应（ddPCR）这一检测方式。
ddPCR是一种灵敏度高、易于在真实世界的临床实践中实施的检测方式。尽管活跃在临床试验中的NGS具有许多优势且具有前景，但研究者认为，ddPCR可在NGS难以实施的条件下填补空白。
图1.发现队列的入组流程
研究结果：高BRAF AF患者或有更差的OS及PFS表现
基线水平概述
本研究共纳入76例BRAF V600E mCRC患者，发现队列为47例，验证队列为29例。
表1.根据AF水平进行分层的发现队列和验证队列
发现队列和验证队列分别有49%和41%患者具有基线时高水平的BRAF AF。
在两个队列中，相较于低AF患者，高AF患者出现ECOG体能状态（PS）≥2、肿瘤部位≥2、肝转移、高疾病进展率的占比更多。
在治疗方案方面，发现队列和验证队列分别有70%和72%患者接受双药联合治疗。
在基因组改变方面，在发现队列中，基线状态时最常见的基因组改变是PTEN突变（5.7%）、AKT1突变（2.9%、KRAS扩增（2.9%）和EGFR扩增（2.9%）；而在验证队列中，最常见的基因组改变是GNAS突变（14%）、MET扩增（6.9%）、KRAS突变（3.4%）、ARAF突变（3.4%）、ERBB2突变（3.4%）和EGFR突变（3.4%）。
发现队列结果
在发现队列中，中位OS为10.1个月（95% CI 6.5-17.5），中位PFS为4.4个月（95% CI 3.6-8.0），中位随访时间为24.1个月。
30%患者观察到完全或部分缓解，而80%患者达到了疾病控制（完全或部分缓解或疾病稳定）。
作为连续变量，BRAF AF基线值与OS（HR=10.27，95% CI 1.79-59.1；P=0.009）和PFS（HR=8.79，95% CI 1.52-50.7；P=0.02）相关。
高BRAF AF患者（AF≥2%，N=23）的OS结果明显更差，中位OS为4.6个月，而低BRAF AF患者（AF≤2%，N=24）的中位OS为17.5个月（HR=3.28，95% CI 1.58-6.81；P=0.001）。高BRAF AF患者的中位PFS为3.3个月，低BRAF AF患者为8.3个月（HR=2.97，95% CI 1.55-5.69；P=0.001)。
图2.发现队列中根据BRAF AF分层的生存数据
A：总生存期(OS)和无进展生存期(PFS)的Kaplan-Meier估计值。
B：上图-BRAF AF值的分布直方图，使用二分法探究BRAF AF的所有潜在临界值；下图-HR和95% CI对OS的影响。
C：根据BRAF AF临界值分层的PFS。
D：根据BRAF AF临界值分层的OS。
验证队列结果
来自发现队列中的结论须经外部独立队列得以验证，验证队列的中位OS为7.3个月（95% CI 6.3-11.3），中位PFS为4.8个月（95% CI 4.0-6.4），中位随访时间为21.8个月。
13%患者观察到完全或部分缓解，59%患者达到疾病控制。BRAF V600E AF中位值为0.9%（IQR 0.1%-5.0%），使用预设的2%临界值，41%患者被归类为高AF（N= 12），59%患者被归类为低AF（N=17)。
这与发现队列中获得的结果一致，即高AF与较差的PFS显著相关（HR=3.83，95% CI 1.60-9.17；P= 0.003）。高AF患者的中位OS为 6.4个月，低于低AF患者（8.8个月），表明高AF组有更差的OS趋势，但无统计学差异（HR=1.86，95% CI 0.80-4.34，P=0.15）。
在经相关因素校正后，BRAF V600E AF与生存结局显示出相似的相关性。
表2.根据BRAF AF、亚克隆状态分层的PFS、OS多变量分析
图3.验证队列中根据预设BRAF AF临界值分层的PFS、OS分析
研究者：BRAF AF可作为三药联合治疗获益的潜在预测因素
研究者使用合并队列（n=76）来分别评估高AF患者和低AF患者接受双药联合治疗及三药联合治疗的获益程度。
在OS方面，低AF患者（n=41）接受双药治疗与三药治疗效果类似（HR = 0.90，95% CI 0.38-2.14）；而高AF患者（n=35）接受三药治疗效果优于双药治疗效果（HR=0.17，95% CI 0.06-0.53；相互作用检验=0.002）。
与之类似的是，在低AF患者中，两种联合治疗的患者PFS无差异（HR=1.12，95% CI 0.47-2.68），在高AF患者中，接受三药治疗的患者PFS更佳（HR=0.27，95% CI 0.11-0.68；相互作用检验=0.005)。
图4.双药治疗及三药治疗对OS及PFS影响的森林图
图5.合并队列中双药联合及三药联合治疗后的生存数据
1.Ros J, Matito J, Villacampa G, Comas R, Garcia A, Martini G, Baraibar I,Saoudi N, Salvà F, Martin Á, Antista M, Toledo R, Martinelli E, Pietrantonio F, Boccaccino A, CremoliniC, Dientsmann R, Tabernero J, Vivancos A, Elez E, Plasmatic BRAF-V600E allele fraction as aprognostic factor in metastatic colorectal cancer treated with BRAF combinatorial treatments, Annals ofOncology (2023), doi: https://doi.org/10.1016/j.annonc.2023.02.016.
2.Tabernero J, Ros J, Élez E. The Evolving Treatment Landscape in BRAF-V600E-Mutated Metastatic Colorectal Cancer. Am Soc Clin Oncol Educ Book. 2022 Apr;42:1-10. doi: 10.1200/EDBK_349561. PMID: 35503983.
3.Ryan B. Corcoran, Hiromichi Ebi, Alexa B. Turke, Erin M. Coffee, Michiya Nishino, Alexandria P. Cogdill, Ronald D. Brown, Patricia Della Pelle, Dora Dias-Santagata, Kenneth E. Hung, Keith T. Flaherty, Adriano Piris, Jennifer A. Wargo, Jeffrey Settleman, Mari Mino-Kenudson, Jeffrey A. Engelman; EGFR-Mediated Reactivation of MAPK Signaling Contributes to Insensitivity of BRAF-Mutant Colorectal Cancers to RAF Inhibition with Vemurafenib. Cancer Discov 1 March 2012; 2 (3): 227–235. https://doi.org/10.1158/2159-8290.CD-11-0341
4.DOI: 10.1200/JCO.2022.40.4_suppl.162 Journal of Clinical Oncology 40, no. 4_suppl (February 01, 2022) 162-162.
Published online January 19, 2022.
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