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【2021ASCO抢先看】靶向基因表达分类器可用于识别存在MRD阳性终末诱导高风险的儿童T-ALL患者

2021年05月21日

来源：肿瘤资讯

美国临床肿瘤学会 (ASCO) 年会将于2021年6月4日至8日开展。近日，ASCO官网公布了肿瘤学各领域最新进展及相关研究摘要，多项儿童肿瘤相关研究也公布了试验结果，并将在大会上作出口头报告。一项美国国立卫生研究院与多家基金会及医疗机构联合开展的研究，对儿童T细胞白血病中微小残留病灶的识别展开了探索，并开发了一种基因表达分类器，以期实现对于T细胞血液肿瘤更精确的基于生物学的风险分层。

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研究背景

T-ALL的异质性阻碍了生物标志物的识别，限制了基于生物学的风险分层。既往肿瘤领域的研究显示，微小残留病灶 (MRD) 一直都是不良预后最有效的预测因子。然而，MRD分层尚无法应用到治疗早期的预测中，无法辅助临床施行应对风险的治疗。如果能够在更早期的治疗中进行更精确的预测，可能为患者带来更有效的疾病缓解，以及降低复发风险。该研究假设基因表达谱在诊断中可能对识别高危患者有预后价值，并对其可行性展开了求证。

研究方法

该研究对儿童肿瘤组织 (COG) 开展的AALL0434研究中的189个诊断样本的RNA-seq数据进行了分析。通过留一法交叉验证，鉴定得到一组最优化的区分MRD+和MRD-样本的基因序列。其后，通过风险评分 (RS) 结果，表明给定基因表达模式的样本MRD阳性的概率。该研究最后还在COG提供的AALL1231研究的独立队列样本中对该模型进行了验证。

研究结果

AALL0434研究中，早期T细胞前体 (ETP) 样本 (n = 19) 具有较高的MRD阳性率，且RS结果最高，平均达到81.3 (SD 值18.7) ，而非ETP样本 (n = 146) RS结果平均仅为24.9 (SD值 22.7) 。

值得注意的是，RS > 50的非ETP样本基因表达模式与ETP样本相同，并且与其他非ETP样本不同。在RS > 50的非ETP队列中，80%是MRD阳性；而在RS< 50的队列中，仅有20%是MRD阳性 (P< 0.0001) 。

当该研究构建的基因模型应用于COG AALL1231研究纳入的31份非ETP诊断样本时，RS > 50队列中有57%的样本为MRD阳性， RS < 50队列中则只有17%的样本为MRD阳性 (P = 0.05) 。

另外很重要的一点是，AALL0434研究在诱导过程中使用是强的松，而AALL1231研究在诱导过程中使用的是地塞米松，这表明该模型的预测价值独立于诱导类固醇的选择。

最后，该研究通过Nanostring分析计入的96个AALL0434研究样本，将这一模型转换为了可定制的Nanostring nCounter平台。Nanostring数据紧密概括了RNA-seq数据，并与所得RS之间有紧密的相关性 (一致性相关系数= 0.91) 。

研究结论

通过分析，该研究开发了一种基因表达分类器，以ETP样基因的表达模式和高MRD阳性风险特征，识别出非ETP T-ALL的亚群，并将该分类器匹配到便于临床处理的靶向平台。

在针对儿童血液肿瘤的诊断中，识别这一高危亚群有可能为诊疗方案提供参考，也对相关临床研究有着指导意义。

参考文献

Lauren K. Meyer， Ritu Roy， Benjamin J. Huang， Cristina Delgado-Martin， Tiffaney L. Vincent， Brent L. Wood， Yu Liu， Jinghui Zhang， Charles Grenfell Mullighan， Terzah M. Horton et al. Targeted gene expression classifier identifies pediatric T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) patients at high risk for end induction minimal residual disease positivity. ASCO PEDIATRIC ONCOLOGY 10002

责任编辑：Amy
排版编辑：Amy