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“GIST 新时空”专栏 | 赵传华教授解析：全面的NGS检测在GIST分子诊断中的应用

2021年02月19日

整理：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

胃肠道间质瘤（GIST）是一种罕见的肿瘤，高达80%的成年GIST是由KIT癌基因的功能获得性突变驱动的，10%到15%的GIST携带编码血小板源性生长因子（PDGFRA）α受体基因的致病性突变，大约10%的GIST患者未发生KIT和PDGFRA基因突变，被认为是KIT/PDGFRA“野生型”GIST（WT-GIST ）。突变分析用于指导晚期GIST患者的临床治疗决策。因此，准确检测GIST中的驱动基因突变是至关重要的。目前，NGS已广泛应用于GIST常规突变检测的实验室。检测成本的降低、检测经验和技术潜力不断增长，使得更全面、更广泛的NGS检测正在进入临床。

赵传华教授解析

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专家点评

精准的基因分型是GIST精准治疗的基础。对于原发GIST患者，肿瘤驱动基因的确定对患者后续治疗及预后具有重要的指导作用。经过多年的发展，有多种NGS检测方法及试剂盒用于辅助临床决策，本研究对4年中使用肿瘤FFPE样本进行遗传分析的3种NGS检测方法进行了比较，同时探索了NGS检测为野生型的患者进行后续RNA融合检测的可行性。

从该研究中的3种方法看，覆盖多个基因全部外显子的UHL 96检出阳性率明显高于只覆盖KIT/PDGFRA热点的GIST MASTR和TTS 26，一方面通过一次检测对患者所携带的可能致病基因PDGFRA、KIT、BRAF、NF1、SDHX做一个全面的判断，比如在162例GIST患者，有5例（3%）携带NF1体细胞突变，高于既往报道NF1相关的GIST发生率<1%；另一方面优化了检测及生物信息学分析方法，对位于内含子与外显子交界处的突变及大片段缺失也能有效检出，比如：在KIT外显子11突变的患者中，发现有7例（6%）患者携带常规方法检测不到的突变类型，包括3例KIT内含子10和外显子11交界区的缺失突变和4例外显子11携带大片段的插入/缺失突变等。以上充分体现了检测技术和生物信息学分析的优化，对GIST临床治疗提供的辅助作用。
本文中也采取了比较有效的筛选方式，比如对于之前选用基因热点检测是阴性，即KIT、PDGFRA野生型的患者，再去做覆盖多基因全外显子的检测，检测结果为野生型的患者，再进行RNA水平融合基因的检测。先通过热点初筛，多基因二筛，融合三筛，层层递进，既便于临床操作，尽可能去发现导致患者发病的突变基因，降低阴性率，又不会增加很多患者检测的经济负担，容易在临床推广。
总之，尽量全面的基因检测（包含融合检测），可以尽量降低“假野生型”GIST的比例，给患者提供更多的临床治疗指导。在实际临床实践中，如果没办法对所有患者进行全面检测，这篇研究也提供了一个很好的分级筛查的模式，既不增加患者的经济负担，又能最大化的提升GIST患者驱动基因的检出率，值得学习！

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责任编辑：Linda
排版编辑：Frank