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【寻根溯源】光学基因图谱技术揭示常规检测“盲区”下的急性髓系白血病

08月01日

整理：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

急性髓系白血病（AML）是一种侵袭性的血液系统恶性肿瘤，其诊断和治疗高度依赖于精确的遗传学分型。其中，携带CBFB::MYH11基因重排（通常由16号染色体倒位inv(16)引起）的AML被认为是预后良好的类型，对此类患者及时采用含阿糖胞苷的标准化疗方案可获得很高的治愈率。然而，常规检测手段有时会漏掉非典型的基因变异，导致误诊和治疗延误。近期，一篇发表于《美国国家综合癌症网络杂志》（JNCCM）的案例报告，揭示了这样一个“诊断盲区”。研究人员利用新兴的光学基因图谱（OGM）技术，成功识别了一例被常规方法漏诊的CBFB::MYH11阳性AML，凸显了全基因组高分辨率检测技术在精准诊疗中的重要价值^[1]。

病例介绍：一次“迟到”的诊断与治疗弯路

该案例报告了一名43岁女性患者的曲折诊疗过程。该患者曾因侵袭性B细胞淋巴瘤成功接受了8个周期的R-EPOCH方案化疗，10个月后因全血细胞减少再次就诊。初次骨髓活检显示，骨髓中母细胞占3%，伴有多系病态造血。关键的细胞遗传学分析——常规G显带核型分析，仅在20个分裂相中的1个发现了8号染色体三体（+8），并未识别出inv(16)。基于此，患者被诊断为治疗相关的骨髓增生异常综合征（t-MDS），并开始了以低剂量地西他滨为基础的去甲基化治疗。

经过8个周期的治疗后，患者血细胞减少的状况未能改善。复查骨髓显示，母细胞比例已上升至11%，提示疾病进展。出人意料的是，此次的核型分析在10个分裂相中清晰地发现了inv(16)(p13.1q22)重排。随后，采用CBFB基因断裂分离探针进行的FISH检测也证实了这一发现，阳性率高达65.5%。然而，当研究人员试图通过更灵敏的RT-PCR技术来确认CBFB::MYH11融合转录本时，无论是针对最常见的A型转录本的单重检测，还是覆盖A、D、E三种常见类型的多重检测，结果均为阴性。

尽管RT-PCR结果阴性，但inv(16)的发现已足以根据WHO分类标准，将诊断从t-MDS修正为AML。患者的治疗方案也因此发生了根本性转变，立即停止了去甲基化治疗，转而接受针对CBF-AML的标准化疗方案——FLAG-GO（氟达拉滨、阿糖胞苷、粒细胞集落刺激因子及吉妥珠单抗）。经过多周期化疗后，患者最终接受了异基因造血干细胞移植（allo-HSCT），并在移植后3年仍处于持续缓解状态。

诊疗经过：拨云见日，光学基因图谱揪出“隐匿元凶”

本案例的诊疗过程充分暴露了当前AML标准检测流程在面对复杂病例时的挑战。首先，G显带核型分析的分辨率有限（约5-10Mb），且依赖于获取高质量的细胞分裂中期相，对于低比例的肿瘤克隆或微小的染色体结构变化容易漏检。在本案例初诊时，inv(16)阳性克隆的比例可能过低，从而在有限的核型分析中被遗漏。其次，RT-PCR技术虽然灵敏度高，但其本质是一种“有偏”的靶向检测，其引物设计基于已知的、最常见的CBFB::MYH11融合转录本（如A型为CBFB外显子5与MYH11外显子33融合）。如果真实的基因断裂点发生在这些已知区域之外，即形成非经典（noncanonical）转录本，RT-PCR将无法扩增出目标产物，导致假阴性结果。

为彻底解开这一诊断谜团，研究团队对患者初诊和疾病进展时的存档样本进行了回顾性的OGM分析。OGM是一种先进的全基因组结构变异检测技术，它通过在超高分子量DNA（>150kb）的特定序列基序上进行荧光标记，随后将单条DNA分子在纳米通道中线性化并成像，从而构建出覆盖整个基因组的高分辨率图谱。通过将样本图谱与参考基因组图谱进行比对，OGM能够无偏倚地检测各类结构变异（SV），包括大片段的缺失、重复、倒位和易位，分辨率可达500bp。

OGM的分析结果令人瞩目（图1）：

揭示隐匿病灶：在患者初次诊断为t-MDS的样本中，OGM就清晰地检测到了CBFB与MYH11基因之间的重排，当时的变异等位基因频率（VAF）较低，约为9%。这一发现直接证明，该患者在初诊时就已是AML，而非t-MDS。
精准定位断点：更关键的是，OGM以极高的精度将该融合基因的断裂点分别定位在CBFB基因的内含子5和MYH11基因的内含子41。这是一个文献中未曾报道过的全新、非经典的断裂位点。这一精准的分子层面的信息，完美地解释了为何所有针对经典外显子连接点的RT-PCR检测均告失败。

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图1. (A) 初诊时常规核型分析仅显示+8，未见inv(16)。(B) 疾病进展时，核型分析发现inv(16)。(C, D) FISH检测证实CBFB基因重排。 (F, G) OGM技术回顾性分析发现，在初诊样本中就已存在低丰度的CBFB::MYH11融合

寻根溯源：精准诊断，避免“一步错，步步错”

本案例深刻揭示了AML的初始诊断对于患者整个治疗路径和最终结局的决定性影响。一次诊断上的“失之交臂”，可能导致患者错失最佳治疗时机，并承担本可避免的巨大治疗负担。

inv(16)/CBFB::MYH11 AML作为预后良好型，其标准一线治疗是包含大剂量阿糖胞苷的强化化疗，完全缓解率可达95%，3年总生存率接近80%。对于获得首次完全缓解的患者，通常不推荐立即进行allo-HSCT，而是进行巩固化疗并监测微小残留病（MRD）。然而，由于本案例患者被初诊为t-MDS，接受的是疗效相对温和的去甲基化药物治疗。这种治疗对于清除CBFB::MYH11阳性的肿瘤克隆效果有限，不仅延误了病情，最终还使患者不得不走向allo-HSCT这一步。Allo-HSCT虽然是有效的挽救治疗，但伴随着显著的移植相关死亡率、急慢性移植物抗宿主病、感染、器官损伤等风险，以及沉重的经济和心理负担。这一切，本可能通过一次精准的初始诊断而避免。

本案例也凸显了OGM这类无偏倚、高分辨率全基因组分析技术的重要临床价值。它不仅能发现常规方法遗漏的隐匿性病变，还能精准刻画新型的、罕见的基因结构异常，为理解疾病的发病机制和耐药原因提供线索。在临床实践中，OGM有望成为一个“一体化”的细胞遗传学诊断平台，一次检测即可提供接近核型分析的宏观视野和远超FISH、PCR的分辨率，从而简化诊断流程、缩短报告时间，并为更多患者提供精准的个体化治疗依据。

小结

本案例报告通过一例inv(16)/CBFB::MYH11 AML的曲折诊疗历程，生动地展示了当前AML诊断流程中因肿瘤克隆比例低、染色体结构变化微小及非经典基因断裂位点而可能出现的诊断挑战。光学基因图谱（OGM）技术的应用，不仅在回顾性分析中明确了初次诊断时已存在的隐匿性基因融合，更从分子层面揭示了导致RT-PCR检测失败的根本原因。这一发现强调，在精准医疗时代，将OGM这类能够全面、无偏倚评估基因组结构变异的技术更早地应用于临床一线检测，对于指导AML的个体化治疗、改善患者预后具有至关重要的意义。

未来的前瞻性研究有必要进一步系统性地评估OGM在AML及其他血液肿瘤患者中的临床应用价值，以期推动其早日写入临床诊断指南。

考一考你

在本案例中，标准RT-PCR方法未能检测到CBFB::MYH11融合基因的根本原因是？

A. 肿瘤细胞比例太低

B. 融合基因的断裂位点非经典，不在常规引物检测范围内

C. 患者接受了去甲基化药物治疗

D. inv(16)变化过于微小 E. FISH检测结果为假阳性

上期《【寻根溯源】利妥昔单抗治疗后，FL或转化为CD20阴性DLBCL，治疗耐药新挑战！》答案为B

参考文献

[1] Saul EE, Urrutia S, Yang H, et al. A Case of Cryptic CBFB::MYH11 Acute Myeloid Leukemia With Noncanonical Breakpoints Detected by Optical Genome Mapping. J Natl Compr Canc Netw. 2025;23(6):e257015. Published online May 9, 2025.

责任编辑：Ashelin
排版编辑：Ashelin

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