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新型PCR技术精准检测肺癌MET扩增亚型

06月02日

整理：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

肺癌是全球发病率最高、致死率居首的恶性肿瘤，其中非小细胞肺癌（NSCLC）占比达85%。随着精准医疗的发展，针对特定基因变异的靶向治疗显著改善了患者预后，而MET基因扩增作为关键生物标志物，在治疗决策中扮演重要角色。然而，现有检测方法存在耗时长、成本高、无法区分扩增亚型等局限。香港病理团队最新研发的数字PCR（dPCR）检测技术，不仅实现了MET扩增的精准定量，更可明确区分局灶性与非局灶性扩增亚型，检测灵敏度达96%、特异性超96%，且将检测时间从传统方法的2天缩短至3小时。这项突破性成果为临床实验室提供了高效、经济的解决方案，或将改写肺癌分子诊断格局。相关论文成果已于2025年2月发表于Cancers杂志。

研究背景

MET基因编码肝细胞生长因子受体，其扩增通过异常激活下游信号通路促进肿瘤增殖与转移。约3-5%的NSCLC患者存在MET扩增，其中局灶性扩增（MET基因选择性扩增）与EGFR靶向药耐药密切相关，而非局灶性扩增（多由7号染色体多体性引起）则对MET靶向治疗反应有限。准确区分这两种扩增亚型对治疗方案选择至关重要。目前临床主要依赖荧光原位杂交（FISH）和二代测序（NGS），但FISH需专业病理医师判读、耗时长达2天，且无法避免主观误差；NGS虽可覆盖多靶点检测，但成本高昂、对拷贝数变异（CNV）检测灵敏度不足，且同样无法区分扩增亚型。dPCR凭借绝对定量、高灵敏度等优势，成为突破现有瓶颈的新希望。

研究方法

研究纳入55例经FISH和NGS验证的NSCLC样本（26例MET扩增阳性、29例阴性），采用自主设计的双反应体系dPCR检测。反应1通过同时检测MET基因与10号染色体参考基因CELF2，计算肿瘤细胞中MET拷贝数；反应2通过检测MET与同染色体参考基因BRAF的比值，区分局灶性扩增（比值≥2）与染色体多体性（比值<2）。使用商业标准品验证检测线性与精密度，并与FISH、NGS进行性能对比。统计学分析涵盖灵敏度、特异性、阳性/阴性预测值及线性回归分析。

结果

1、使用商业化标准品评估MET拷贝数（CN）检测的批间/批内精密度、准确性以及MET CN定量的线性度

在三个不同的MET CN水平（+2 CN、+6 CN和+12 CN）下，对批间和批内精密度、MET CN检测的准确性以及MET CN定量的线性度进行了评估。这些MET CN水平是通过使用已知MET基因CN的商业化DNA标准品（Seraseq™肺癌与脑CNV混合标准品）以及一个确认无MET扩增的正常样本进行的。所有水平均在三个独立的批次中进行了三次重复测试。批间和批内精密度是根据每个CN水平下三次重复测量的变异系数（CV%）计算得出的。dPCR检测在+2 CN水平下获得的平均CN为2.21（范围：2.04 - 2.47；标准差：0.19；变异系数：0.09），在+6 CN水平下为6.87（范围：6.83 - 6.95；标准差：0.06；变异系数：0.01），在+12 CN水平下为12.47（范围：12.19 - 12.85；标准差：0.27；变异系数：0.02）。这三个水平获得的平均CN与预期的MET CN完全相关，证明了dPCR检测报告的MET CN具有高精度和一致性。在准确性方面，dPCR检测观察到的MET CN在+2、+6和+12 CN水平下分别为预期值的110.5%、114.5%和103.9%。dPCR的MET CN定量也表现出极佳的线性相关性（图1）。

图1. dPCR MET拷贝数检测值与标准品实际值之间的相关性.png

图1. dPCR MET拷贝数检测值与标准品实际值之间的相关性

2、NGS、dPCR和FISH检测结果概述

本研究对内部开发的dPCR检测方法进行了全面评估，用于检测和分类MET扩增，并与FISH和针对55例肺癌患者福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织样本的靶向NGS检测进行对比。dPCR、FISH和NGS检测获得的阳性结果的一致性见图2，提示dPCR与FISH和NGS，尤其是FISH，检出的MET扩增具有良好的一致性。

图2. NGS、dPCR和FISH检出的MET扩增阳性结果之间的一致性.png

图2. NGS、dPCR和FISH检出的MET扩增阳性结果之间的一致性

3、评估dPCR与FISH在MET扩增检测和分型中的相关性

在选定的55个样本中，FISH检出25个样本存在MET扩增，其中15个样本被判定为局灶性MET扩增（MET CN ≥5 且 MET/CCP7比值≥2），10个样本为MET多体性（MET CN ≥5 且MET/CCP7比值<2），其余30个样本FISH MET扩增为阴性。以FISH检测结果作为评估dPCR检测性能的金标准，25个FISH阳性病例中有24个被dPCR检测为MET扩增阳性。对于局灶性MET扩增，15个FISH阳性病例均被dPCR成功检测和区分，而对于MET多体性，10个FISH阳性病例中有9个被正确检测。对于FISH阴性病例，30个病例中有29个被正确检测。因此，参照FISH检测结果进行MET扩增检测时，dPCR检测的敏感性、特异性、阳性预测值（PPV）和阴性预测值（NPV）分别为96.0%、96.7%、96.0%和96.7%。在区分局灶性MET扩增和MET多体性方面，dPCR检测阳性病例的结果与FISH判读的符合率为100%。此外，在CN定量和MET/REF比值计算方面，dPCR和FISH表现出良好的线性相关性（CN定量的R²=0.91 ，p=0.001 ；MET/REF2比值计算的R²=0.93 ）（图3）。
图3. dPCR和FISH检测之间的一致性。.png

图3. dPCR和FISH检测之间的一致性。（A）MET拷贝数检测的一致性。（B）MET/REF比值检测的一致性。

4、dPCR与NGS在MET扩增检测中的性能比较

在目前的临床实践中，NGS用于肺癌患者的综合基因检测。MET扩增是基于MET拷贝数变异（CNV）进行检测的，NGS检测MET扩增阳性的临界值为MET CN大于或等于5。然而，NGS主要用作筛查工具，任何检测到的MET扩增都需要随后通过FISH进行确认。以FISH作为金标准评估NGS检测MET扩增的性能，结果显示在25个FISH阳性病例中，NGS检测出19个为MET扩增阳性，其中包括13例局灶性MET扩增和6例MET多体性。对于其余6个FISH阳性病例，NGS未能检测到MET扩增。在30个FISH阴性病例中，NGS检测出23个为MET扩增阴性，7个为MET扩增阳性。NGS检测的敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值分别为76.0%、76.7%、73.1%和79.3%，线性回归R²值为0.81（p=0.04），表明一致性处于中等水平。相比之下，本研究开发的dPCR检测在敏感性、特异性、PPV和NPV方面表现明显更优。参照FISH检测结果，dPCR和NGS的性能指标（包括敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值）列于表1进行比较。

表1. 以FISH为金标准，对比NGS和dPCR用于MET扩增检测的准确性.png

表1. 以FISH为金标准，对比NGS和dPCR用于MET扩增检测的准确性

对dPCR和NGS检测MET扩增的结果进行了直接比较：对55个选定病例的dPCR和NGS检测结果比较显示，26个NGS阳性病例中有20个被dPCR检测为MET扩增阳性，其中包括12例局灶性MET扩增和8例MET多体性。在NGS阴性病例中，29个病例中有24个也被dPCR归类为MET扩增阴性。其余5个病例被dPCR检测为MET扩增阳性。dPCR和NGS之间的阳性百分比一致性、阴性百分比一致性和总体百分比一致性分别为79.9%、82.8%和80%。总体而言，dPCR和NGS表现出线性相关性（R²：0.78）。

结论

本研究证实，新型dPCR技术可精准检测MET扩增并区分亚型，为临床提供快速、经济、可靠的分子诊断工具。其与FISH的高度一致性、优于NGS的检测性能，使其成为现有方法的重要补充，尤其适合资源有限的基层实验室。然而，本研究样本量较小（55例），尚未基于大样本建立优化截断值，且未验证检测结果与治疗疗效的关联。未来需扩大验证队列、完善临床相关性研究，以推动该技术纳入诊疗指南。这项创新标志着肺癌精准检测迈向新台阶，为MET靶向治疗的精准实施奠定关键技术基础。

参考文献

Shek RCM, Li PSN, Leung SCM, et al. A Novel Digital PCR Assay for Accurate Detection and Differentiation of Focal and Non-Focal Subtypes of Mesenchymal-Epithelial Transition (MET) Gene Amplification in Lung Cancer. Cancers (Basel). 2025;17(5):811. Published 2025 Feb 26. doi:10.3390/cancers17050811。

审批编号：CN-159858 有效期至：2025-08-12

声明：本材料由阿斯利康提供，仅供医疗卫生专业人士参考

责任编辑：肿瘤资讯-Yuno
排版编辑：肿瘤资讯-张予喆

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