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【前沿进展】DNA NGS序贯RNA NGS检测可提高METex14跳跃突变的检测率

02月06日
肺癌
整理:肿瘤资讯
来源:肿瘤资讯

METex14跳跃突变目前是公认的致癌驱动基因突变之一,约见于3%-5%的非小细胞肺癌(NSCLC)患者中,且通常不与其他致癌驱动基因突变同时出现[1],近期多款MET抑制剂的批准上市改善了METex14跳跃突变晚期NSCLC患者的临床治疗格局。与此同时为更好的管理患者,临床上METex14跳跃突变的检测亟需可靠的分子检测方法。近期研究者开展的一项回顾性研究,评估了DNA 第二代测序(NGS)序贯RNA NGS检测METex14跳跃突变的结果和潜在优势。【肿瘤资讯】特整理如下,以飨读者。

研究方法

研究回顾性评估了2020年3月至2022年12月期间所有通过OCPM检测的NSCLC患者样本。从福尔马林固定石蜡包埋的组织样本中提取DNA/RNA,并进行NGS检测(GS180 panel)。

主要结果

在548例患者样本中,142例(26%)患者RNA检测结果显示失败,基于DNA的NGS检测显示METex14跳跃突变的发生率为4.9%。基于DNA和RNA的NGS检测显示METex14跳跃突变的发生率为7%。 

图1 基于DNA和RNA的NGS检测

在28例METex14跳跃突变DNA改变的患者样本中,7例(25%)患者在剪接部位之外发现深度内含子变异。37例(32%)患者中有12例患者的诊断取决于基于RNA的测序结果(基于DNA的NGS失败或有隐藏的深度内含子变异)。在DNA NGS序贯RNA NGS测序结果的26例样本中,不一致性为46%。通过DNA NGS检测的METex14跳跃突变发生率为27%(7例),RNA NGS检测的METex14跳跃突变发生率为19%(5例)。

WPS图片(1)22.png图2 DNA+RNA NGS序贯检测的结果

点评

近20年来,靶向治疗取得了长足发展,彻底改变了晚期NSCLC的治疗格局,并极大改善晚期患者生存获益。随着现代科学技术的进步,越来越多致癌驱动基因被发现,并有越来越多可及靶向疗法相继问世。MET变异包括多种类型,其中METex14跳跃突变目前是公认的关键致癌驱动基因之一,且相关临床研究数据最为丰富。目前中国已有四款MET抑制剂获批上市,这将为此类罕见突变患者带来更多治疗机会和生存获益。但与其他致癌驱动基因突变不同的是,METex14跳跃突变因具有复杂性需要高质量的NGS检测结果而使其检测充满挑战,因此亟需更可靠、有效的检测手段。METex14跳跃突变可采用RT-qPCR、基于DNA的NGS或基于RNA的NGS进行检测,不同检测方法各有其优缺点。近期研究者开展的这项研究提示,DNA NGS序贯RNA NGS检测可增加METex14跳跃突变检测的灵敏度。但值得指出的是,基于RNA NGS的检测高度依赖RNA质量,在某些临床样本中,可能是替代选择。此外该研究还发现,非鳞状NSCLC巴西患者人群中METex14跳跃突变的发生率高于已发表文献数据的结果,但仍需要未来更多研究的证实。
 

参考文献

[1] Frampton GM, Ali SM, Rosenzweig M, et al. Activation of MET via diverse exon 14 splicing alterations occurs in multiple tumor types and confers clinical sensitivity to MET inhibitors. Cancer Discov 2015;5:850-859
[2]Pedro Rafael De Marchi et al. 201P - RNA-based plus DNA-based analysis of MET exon 14 skipping in a non-small cell lung cancer increases diagnostic performance.2023 ELCC.

 
本材料由阿斯利康提供,仅供医疗卫生专业人士参考,不可用于推广目的。
审批编号:CN-129480,过期日期:2025-1-28


责任编辑:肿瘤资讯-Yuno
排版编辑:肿瘤资讯-tong



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