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2026 WCLC | 间皮瘤多平台ctDNA检测揭示全基因组指导方法的卓越检出性能

08月20日
编译:肿瘤资讯
来源:肿瘤资讯
Session Type

Mini Oral

Session Title

MO04. Novel Therapeutics and Molecular Insights in Thymic Malignancies and Pleural Mesothelioma

摘要号

MO04.06

英文标题

Multi-Platform ctDNA Profiling in Mesothelioma Reveals Superior Detection With a Whole-Genome Informed Approach

中文标题

间皮瘤多平台ctDNA检测揭示全基因组指导方法的卓越检出性能


讲者

Shohei Waller, BBiomed, MD, FRACP

讲者机构

Peter MacCallum Cancer Centre

背景

间皮瘤中循环肿瘤DNA(ctDNA)的检测受限于肿瘤低脱落率,以及以结构变异(SV)和拷贝数变异(CNV)为主而非反复出现的热点突变的基因组特征。非肿瘤知情及肿瘤知情的panel检测依赖于单核苷酸变异(SNV)和小片段插入/缺失的检测。相比之下,肿瘤知情的ddPCR能够对包括SV在内的少量预选变异实现高灵敏度检测。血浆全基因组知情测序(WISP)通过聚合数千个肿瘤特异性变异(包括拷贝数和杂合性缺失(LOH)事件)的信号,实现全基因组范围的ctDNA检测。我们在一个前瞻性间皮瘤队列中对上述平台的ctDNA检出率进行了比较。 

方法

间皮瘤患者接受肿瘤全基因组测序(WGS)并匹配血浆采样。在入组的53例患者中,42例成功完成测序并具有配对血浆样本,纳入本研究。ctDNA采用以下方法评估:(1)ctTSO500(非肿瘤知情杂交捕获panel),(2)肿瘤知情ddPCR(主要靶向患者SV),以及(3)WISP(整合SNV、拷贝数和LOH信号)。对系列血浆样本进行分析,并在匹配时间点比较检出率。 

结果 

基线时,ctTSO500在14/42例患者(33%)中检出ctDNA。33例患者接受ddPCR检测,其中18/33例(55%)检出ctDNA;9例患者因缺乏合适靶点或血浆耗尽而无法设计检测方法。在18例ddPCR阳性病例中,仅2/18例(11%)在ctTSO500上对相应变异有一致性检出。截至目前,WISP在部分患者中完成检测,基线样本检出率为17/18(94%)。在来自17例患者的27份三平台匹配数据样本中,WISP在23/27份(85%)中检出ctDNA,而ddPCR为15/22份(68%),ctTSO500为9/20份(45%)。除一例外,所有ddPCR或ctTSO500阳性的样本均被WISP检出。WISP还额外在8份两种检测均为阴性的样本中检出ctDNA,这些样本富集于SNV稀疏的病例。WISP在至少一个时间点于全部19例患者中检出ctDNA。ddPCR的变异等位基因频率(VAF)与WISP衍生的肿瘤分数之间观察到定量一致性,且检出一致性随ddPCR VAF升高而增加。 

结论 

据我们所知,这是采用正交方法分析ctDNA的最大规模间皮瘤队列。与ctTSO500和靶向ddPCR相比,WISP显著提高了检出率。通过捕获SNV之外的全基因组肿瘤信号,WISP能够在低脱落性疾病及以SV为主的肿瘤中实现检测。上述发现支持肿瘤知情全基因组ctDNA分析作为间皮瘤ctDNA检测的首选策略,目前正在进行进一步分析以明确其性能及临床有效性。

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评论
08月20日
杨蔷
溧阳市中医医院 | 肿瘤科
作为间皮瘤ctDNA检测的首选策略