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基于二代测序揭示中国肺癌患者MET外显子14跳跃突变的全景特征

06月03日

整理：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

MET外显子14跳跃突变是肺癌的重要治疗靶点，但其检测方法的选择和突变特征仍存在争议。本文通过分析11,330例中国肺癌患者的基因检测数据，系统比较了不同二代测序（NGS）技术的检测效能，揭示了突变类型、临床相关性及人群分布特征，为优化检测策略和精准治疗提供关键证据。相关论文已于2025年3月发表于JTO Clinical and Research Reports杂志。

研究背景

MET基因编码的c-MET蛋白是肝细胞生长因子的受体，其信号通路异常与肺癌发生密切相关。MET外显子14跳跃突变（METex14跳跃）通过影响剪接位点或关键调控位点（如Y1003、D1010），导致蛋白降解障碍和持续激活，进而驱动肿瘤进展。该突变在非小细胞肺癌（NSCLC）中的发生率约为0.9%-4%，携带该突变的NSCLC患者可从靶向药物（如赛沃替尼、谷美替尼）治疗中获益。现有检测方法包括DNA-NGS、RNA-NGS和免疫组化（IHC），但不同技术的敏感性和适用场景尚未明确。此外，突变位点分布广泛且形式多样，临床特征（如年龄、分期）对突变发生的影响仍需深入探索。

研究方法

研究纳入11,330例中国肺癌患者的组织样本，分别采用两种NGS技术进行检测：（1）基于捕获法的DNA测序（CLC，n=6,002）；（2）基于扩增法的DNA与RNA同步测序（ALC，n=5,400）。检测覆盖MET基因外显子13-14相关剪接区域，同时分析突变类型、临床特征（年龄、性别、病理类型、样本类型）及微卫星不稳定性（MSI）的关联。30例患者同步接受c-MET蛋白IHC检测。统计方法采用卡方检验和Fisher精确检验（p<0.05为显著差异）。

结果

1. 不同NGS方法对METex14跳跃的检出率

2022年5月至2024年2月，研究人员共收集了11330例中国肺癌患者的组织样本，并进行了NGS分析以确认是否存在METex14跳跃。其中，6002例样本采用基于DNA的捕获法文库构建（CLC）进行NGS检测，5400例样本则使用基于DNA和RNA同步的扩增子法文库构建（ALC）进行NGS检测。

研究人群中METex14跳跃的总体阳性率为1.78%（202/11330）。检出率因核酸底物和文库构建方法的不同而有所差异。按照METex14跳跃检出率从高到低排序，结果如下：基于DNA和RNA同步的ALC检测法为2.2%（119/5400）；基于RNA的ALC检测法为2.11%（114/5400）；基于DNA的CLC检测法为1.38%（83/6002）；基于DNA的ALC检测法为0.56%（30/5400）（图1A）。基于DNA和RNA同步的NGS检测法以及基于RNA的ALC检测法的阳性率，均高于此前中国大陆NSCLC人群中报道的METex14跳跃率（0.9%-2.0%）。

在使用基于DNA和RNA同步的ALC检测法的5400例患者中，25例患者DNA和RNA检测均为阳性，89例患者DNA检测阴性但RNA检测阳性，5例患者DNA检测阳性但RNA检测阴性（图1B）。基于DNA和RNA同步的ALC检测法的一致性为98.3%。然而，需要注意的是，由于大多数患者METex14跳跃检测为阴性，这一一致性的参考价值有限。该高一致性数值主要源于阴性患者之间的一致性，而阳性患者之间的检测一致性相对较差。

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图1. A：中国肺癌人群中使用不同NGS方法检测METex14跳跃的检出率：基于DNA的捕获法文库构建（CLC DNA）；基于DNA的扩增子法文库构建（ALC DNA）；基于RNA的扩增子法文库构建（ALC RNA）；基于DNA和RNA同步的扩增子法文库构建（ALC DNA和RNA）；所有样本（ALL）。B：基于DNA和RNA同步的NGS阳性检测结果

2. 中国人群中METex14跳跃的类型和分布

对本队列中经基于DNA的NGS检测为METex14跳跃阳性的113例患者的变异位点进行分析后发现，中国人群中导致METex14跳跃的变异序列跨度为197个碱基对（bp），范围从内含子13的c.2888-45到内含子14的c.3028+11（图2B）。此外，在METex14跳跃中还观察到了多种突变形式。在本队列的113例阳性患者中，共鉴定出45种不同的突变形式，包括碱基替换、插入、缺失和大片段重复。最常见的突变形式是c.3028G>A（p.D1010N）、c.3028G>C（p.D1010H）和c.3028+1G>C，这三种突变形式占所有突变类型的38.9%。

导致METex14跳跃的突变涉及特定位点，包括内含子13的分支位点（BS）区域、多聚嘧啶束（PPT）区域、剪接受体位点（SA）区域，以及外显子14上的Y1003和D1010位点，还有内含子14的剪接供体位点（SD）区域（图2A）。不同患者受突变影响的核苷酸序列长度各不相同，也存在突变涉及多个区域的情况。在本研究中，无论是ALC检测还是CLC检测，D1010区域的突变检出率都是最高的。在总体人群中，涉及D1010位点的突变占所有突变的46.9%，而涉及Y1003位点的突变检出率最低，仅占3.5%。在内含子14的SD区域，91.2%的突变是碱基替换，而在内含子13的BS、PPT和SA区域，大多数突变是小片段插入和缺失（分别为100%、100%和89.5%）（图2C-E）。

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图2. 中国人群中METex14跳跃的分布与分析。A：METex14跳跃所涉及的剪接序列组成。B：通过基于DNA的NGS检测到的METex14跳跃的特定变异位点。C：通过基于DNA的捕获法文库构建NGS检测到的METex14跳跃变异类型及其分布的统计分析。D：通过基于DNA的扩增子法文库构建NGS检测到的METex14跳跃变异类型及其分布的统计分析。E：通过基于DNA的扩增子法文库构建或捕获法文库构建NGS检测到的METex14跳跃变异类型及其分布的统计分析。F：通过基于DNA的NGS检测到的METex14跳跃按涉及位点的人群分布统计分析

3. METex14跳跃与c-MET过表达之间的关系

c-MET过表达的定义为≥50%的肿瘤细胞IHC染色呈强阳性（3+）。在所有患者中，30例患者同时接受了NGS和免疫组化检测。在c-MET过表达阳性队列（n=9）中，只有1例患者的NGS分析显示METex14跳跃阳性。在c-MET过表达阴性队列（n=22）中，也只有1例患者的NGS分析显示METex14跳跃阳性。METex14跳跃与c-MET过表达之间的一致性较差。

4. 影响METex14跳跃检出率的因素

研究人员根据患者的病理分类对检出率进行了对比分析，结果与先前的研究一致。肺腺癌的发生率略高于肺鳞癌。在肉瘤样癌患者中，METex14跳跃更为常见，其总体检出率为15.79%（表1）。

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表1. 不同组织学亚型的METex14跳跃检出率

研究人员进一步进行统计分析，以探究队列的临床特征、标本相关因素与研究人群中METex14跳跃检出率之间的潜在关联。在总体人群中，不同肿瘤位置（原发或转移）的阳性率没有显著差异（P=0.2642）。在总体人群中，穿刺活检样本中检测到METex14跳跃的频率高于手术切除样本（P<0.0001）。需要重点指出的是，接受穿刺活检的患者往往处于肿瘤晚期。同样，在总体人群中，年龄大于60岁的个体中METex14跳跃的发生率明显高于年龄小于60岁的个体（P<0.0001）。此外，研究人员观察到样本的性别分布没有显著差异（表2）。

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表2. 临床病理特征与METex14跳跃检出率之间的潜在关联

部分人群有微卫星不稳定性（MSI）检测数据。研究人员比较了微卫星高度不稳定（MSI-H）和微卫星稳定（MSS）状态个体中METex14跳跃的检出率。结果表明，即使在MSI-H状态个体数量有限的情况下，METex14跳跃在这部分人群中的发生率仍然显著较高（总体人群：MSI-H为14.71%；MSS为1.78%；P<0.0001）（表3）。

结论

本研究证实，同步DNA-RNA测序（ALC）是检测METex14 skipping的最优方法，可减少因引物覆盖不足导致的漏检。突变特征呈现高度异质性，需针对性设计检测区域。老年（≥60岁）、晚期（穿刺样本）及MSI-H患者为突变高危人群，建议优先筛查。

本文局限性包括：研究仅纳入中国人群数据，IHC验证样本量较小（n=30），未来需扩大跨种族队列和配对原发/转移灶分析。此外，RNA测序未完全覆盖所有突变机制（如表观调控异常），可能影响检出率。

参考文献

Liao J, Wu S, Min Y, et al. The landscape of MET exon 14 skipping mutations in lung cancer patients identified by next-generation sequencing [J]. JTO Clinical and Research Reports, 2025: 100826。

审批编号：CN-159859 有效期至：2025-08-28

声明：本材料由阿斯利康提供，仅供医疗卫生专业人士参考

责任编辑：肿瘤资讯-Yuno
排版编辑：肿瘤资讯-Sally

06月04日

毛玉英

平遥兴康医院 | 肿瘤内科

感谢分享受益匪浅

06月04日

张剑

锦州市中心医院 | 其他

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