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今日说精准 | 二代测序报告如何解读？肿瘤医生不可不知的五件事！

2022年12月20日

来源：中国医学论坛报今日肿瘤

二代测序(NGS)技术现已广泛应用于临床和医学研究中，提高了我们对肿瘤生物学的理解，促进了靶向药物的研发。然而，如何准确抓取NGS报告关键信息并综合分析，以指导临床决策带来实际患者获益，已成为肿瘤医生需要重点关注的问题。今年，ESMO公布了NGS在肿瘤学日常实践中使用的详细建议。基于此，本综述将着重于如何阅读NGS报告，总结NGS检测到的突变类型、NGS报告的基本要求以及相关数据库信息，为肿瘤医生提供报告解读支持。

肿瘤医生的角色

在大多数情况下，肿瘤医生会在初次诊断或后期疾病进展时建议患者进行分子检测，以评价导致治疗耐药的潜在分子变异。根据最近发表的ESMO建议，在日常临床实践中，仅在晚期非鳞状非小细胞肺癌（NSCLC）、前列腺癌、卵巢癌以及胆管癌患者中推荐常规使用多基因NGS检测，以检测出那些已在临床试验中得到验证的变异基因（ESCAT I级）相匹配的靶向药物。而其他癌症类型，仍以针对特定突变的单基因检测（PCR或ISH）为标准。目前没有证据表明多基因大panel的NGS检测与改善患者结局相关，因此，若需行NGS检测，建议使用小panel，在不增加费用的前提下可以使用大panel。

【总结】除NSCLC外大多数实体瘤检测NGS的获益有限，尤其是暂无匹配靶向药物的基因变异，且不具备成本效益。因此，建议仔细评估患者的获益并作出合理的检测策略。

病理医生的角色及NGS预分析

在NGS panel个体化定制、定义基因和基因组突变方面，病理医生和肿瘤医生的合作将发挥重要的作用。NGS能够实现更高水平的测序深度，从而以更高的灵敏度获得确证性的结果。临床NGS的设计还应考虑样本类型、所需DNA/RNA的最小量和周转时间等。

NGS常用样本为福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的肿瘤样本以及细胞学样本（体液、细针抽吸物）。分子检测前对肿瘤样本进行病理评估至关重要，包括确认肿瘤的诊断、评估样本充分性和肿瘤细胞含量。肿瘤细胞含量与NGS结果是否准确息息相关。对于各种类型的基因突变，不同NGS检测的阈值可能不同，肿瘤细胞含量较低可能导致假阴性结果。

检测方法验证是检测过程中的必要步骤，旨在保证相关突变的高准确度(>95%)。验证还提供了等位基因频率临界值的信息，这些信息对测序结果的解读很重要。因此，建议分子诊断实验室遵守国际质量标准并通过定期参与外部质量保证(EQA)项目以确保检测质量。

【总结】样本的质控作为初始步骤，如果病理医生认为肿瘤材料不充分，则应考虑可用肿瘤样本的质量和数量，以及NGS在需要评估的材料中的可行性，理想情况下应在相应的疾病肿瘤委员会和再次活检中进行进一步评估。为确保高质量的分子分析，肿瘤医生应了解他所应用的NGS检测是如何验证的，以及他正在合作的实验室是否定期参与EQA项目。

NGS报告基本信息要求

结果部分是报告的关键部分，应以清晰、简明的方式呈现结果，使临床医生能够为患者选择最佳的治疗方案，是分子病理学报告中至关重要的内容（表1）。

表1 建议NGS报告至少应该包含的内容

注：ASR，分析物专用试剂；HGVS，人类基因组变异学会；HUGO，人类基因组组织；LDT，实验室开发的测试；NGS，新一代测序。

报告应使用标准基因和序列变异命名法报告基因突变，使用p.和c.注释报告SNV和indel。对于变异，应提供基因组坐标、基因组构建和转录本参考序列。等位基因分数和肿瘤细胞含量也应包括在报告中。基因融合应报告包括外显子在内的两个融合基因伙伴，并以双冒号分隔。NGS检测生成的CNVs应以表格格式报告，以表示拷贝数增加或减少。报告应详细包括实际检测的内容，也可选择以疾病特异性方式报告阴性结果。方法学详细信息应在单独的章节中提供，报告还应包括所用NGS检测的测序覆盖临界值（参考见文末附表）。

目前已经开发了几种分类系统来评估基因变异的临床意义（可操作性）。美国主要临床和病理学协会推荐采用四级分类系统，并根据其临床影响、结合FDA批准的特定疗法对变体进行分类。根据ESMO推荐的ESCAT指南，理想情况下，所有检测到的基因变异分类见表2。

表2 欧洲肿瘤内科学会ESCAT量表

I至V级应按临床重要性降序报告，报告中不应提及解释为良性/可能良性的变异，建议指出某些可能与遗传性疾病有关的变异。根据国家法规、当地情况及与肿瘤医生的协议，可在分子病理学报告中提供治疗建议。此外，可以在关于已发表试验的可用性或引文的一般声明中提及特定临床试验。

遗传变异的生物学和临床分类

由于基因组医学领域正在迅速发展，并非所有临床医生都熟悉如何进行NGS报告结果解读。越来越多的针对血液系统和恶性实体肿瘤的大规模基因组测序项目的公布，导致大量的基因组信息整合在许多公开可用的数据库中（点击阅读原文查看数据库详情）。值得注意的是，基于这些数据库的不同肿瘤中序列变异的流行率和分布数据需要谨慎的解读，因为各数据库中提交的信息来源不同且缺乏标准统一的管理。

临床实践中最大的挑战是在生物学背景下解释基因变异的功能及其可能在治疗方面的意义。原则上，为了进行全面的注释和临床应用，需要在以下四个水平进行评估：(i)基因；(ii)特异性变异；(iii)对药物或一组药物的敏感性或耐药性；(iv)肿瘤特异性背景。

【总结】不同的数据库各有利弊。在使用数据库时，重要的是应充分理解数据库的内容以及如何整合数据，避免过度解释注释结果。肿瘤医生至少应知道各自合作的病理科依据哪些数据库，并根据NGS报告清楚地说明这些将在哪些方面有所帮助。此外，分子肿瘤委员会对结果的多学科讨论对于促进正确解读至关重要，尤其是VUS。

临床解读NGS报告：挑战和争议

在接受NGS检测的患者中，（i）如果存在一种以上可操作的基因组突变，优先考虑靶向治疗方案；（ii）考虑将标准治疗全身性治疗方案作为替代方案时，确定最有前景的靶向抗肿瘤治疗。

当发现一个或多个可操作的基因突变时，为了确定治疗方案的优先顺序，对其证据水平进行量化至关重要，ESMO的ESCAT等提供了相关算法。如果在同一驱动基因中检测到多种基因突变，则必须根据所有相应突变的潜在影响来调整治疗方案。需要强调的是目前的基因组学知识显然领先于肿瘤靶向治疗的能力。

【总结】通过NGS检测获得的结果往往超出了为患者做出治疗决策所需的要求。因此，在学术机构外进行非常广泛的NGS检测以进行早期试验的价值仍然存疑，应由肿瘤医生在考虑患者个体的情况下进行严格评估。

结语：

利用NGS进行肿瘤突变谱分析已经成为许多晚期癌症患者在一线或后线治疗选择药物前的标准手段。在生物信息学水平上解读NGS报告具有挑战性，NGS报告的解读应该是由分子病理医生、肿瘤生物学家和临床医生共同完成。肿瘤医生不可以仅仅依据NGS报告提供的信息就采取行动，而是需要综合分析解读NGS结果。

附表 NGS报告模板

注：CI，置信区间；CNV，变异拷贝数；COSMIC，癌症体细胞突变目录；ESCAT，ESMO分子靶点临床可操作性量表；NGS，新一代测序；VAF，变异等位基因频率。

责任编辑：肿瘤资讯-QTT
排版编辑：肿瘤资讯-HK

转自：中国医学论坛报今日肿瘤

2022年12月25日

张帆

益阳市中心医院 | 肿瘤内科

二代测序的意义非常重要

2022年12月21日

李建军

鹤壁市人民医院 | 消化内科

二代测序(NGS)技术现已广泛应用于临床和医学研究中，提高了我们对肿瘤生物学的理解，促进了靶向药物的研发。

2022年12月21日

刘蕊

华北理工大学附属医院 | 肿瘤内科

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