CDK4/6抑制剂是HR+/HER2-晚期乳腺癌的标准治疗，但耐药性问题不可避免。既往研究表明CDK4/6抑制剂的耐药机制可分为细胞周期特异性耐药和细胞周期非特异性耐药，包括RB缺失、p16过表达、E2F过表达、FGFR通路激活、PI3K/AKT/mTOR通路激活、ER或PR表达缺失等等。2022 SABCS大会上，通过进一步分析MONALESSA系列研究中晚期患者的基线与治疗后基因改变情况，为瑞波西利联合内分泌治疗方案的获得性耐药基因改变提供了更多的数据参考。
通过基线和治疗结束时ctDNA样本，确定MONALEESA-2、-3和-7试验中瑞波西利联合内分泌治疗的获得性耐药机制
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研究背景
在治疗（tx）过程中，激素受体阳性/人表皮生长因子受体阴性（HR+/HER2−）晚期乳腺癌患者可获得导致治疗耐药的基因改变。既往通过对MONALEESA（ML）-2、-3和-7中循环肿瘤DNA（ctDNA）的汇总分析，确定了基线（BL）时瑞波西利（RIB）治疗反应和耐药性的潜在预测生物标志物。当前研究描述了来自ML-2、-3和-7临床试验中BL和治疗结束（EOT） 时配对样本分析，以确定可能影响RIB+内分泌治疗（ET） vs 安慰剂（PBO）+ET的获得性耐药机制。
研究方法
通过采集ML-2（NCT01958021）、ML-3（NCT02422615）和ML-7（NCT02278120）研究中，RIB+ET vs PBO+ET一线（1L）和二线（2L）治疗绝经前和绝经后HR+/HER2-患者的疗效和安全性数据进行分析。在第一周期第一天（C1D1；第一次治疗前）和EOT（记录进展的±28天）采集血浆样本。使用二代定向测序panel（约550个基因）进行ctDNA测序。无论BL时基因频率如何，EOT时基因改变频率>5%作为界值指标。肿瘤突变负荷（TMB）通过tx组评估，并以10个突变/MB为界值将患者分类为高TMB与低TMB。为了评估改变存在的差异，配对样本需进行了McNemar测试，并使用错误发现率（FDR）对多重测试进行校正（adj）。使用贝叶斯混合效应模型解释ctDNA分数和检验，并通过纳入tx ×随访交互作用项检验tx特异性耐药性。
研究结果
共有905份来自ML-2、-3和-7的配对样本进入分析，其中分别有441份样本来自RIB+ET治疗，464份样本来自PBO+ET治疗。
BL和EOT时配对样本的基因改变频率
总体而言，17个基因在EOT的改变频率>5%。EOT vs C1D1时，RIB组中RB1（10.4% vs 2.0%）、ATM（11.3% vs 8.4%）、FAT1（4.8% vs 3.0%）、FAT3（5.0% vs 2.5%）和TET2（11.6% vs 8.6%）的基因改变频率更高（FDR-adj P < 0.10）。在RIB（26.3% vs 9.1%）和PBO（28.9% vs 5.4%）组中，EOT时ESR1的改变也高于C1D1（FDR-adj P < 0.0001）。（表1和图1）
表1. 在BL和EOT时，RIB组和PBO组中频繁改变的基因
图1. 在BL和EOT时，RIB组（A）和PBO组（B）中频繁改变的基因
BL和EOT时，ctDNA分数
EOT时，RIB组（P = 0.0037）和PBO组（P = 0.033）的ctDNA分数均高于BL。同时，为排除EOT时较高的ctDNA分数导致更高的基因改变频率，使用贝叶斯混合效应模型来解释ctDNA分数，并评估EOT时ctDNA的增加是否与治疗相关。
贝叶斯混合效应模型表明，即使校正了ctDNA分数，基因突变的耐药模式仍然存在。一方面，EOT时RIB组的RB1基因突变频率高于BL，而PBO组没有；另一方面，EOT时RIB组ATM、FAT1和FAT3基因突变频率高于BL，但模型中没有足够证据支持RIB组的特异性耐药；最后，EOT时PBO组的GATA3基因突变频率高于BL，而RIB组不是（FDR-adj P = 0.11）。这提示RIB组的RB1基因改变和PBO组的GATA3基因改变存在tx特异性耐药。
在RIB和PBO组中，EOT时ESR1和TET2突变频率高于BL。同时，PBO组的优势比（OR）高于RIB组，PBO组（绝对值23.5%）的ERS1突变频率增加相对RIB组（绝对值17.2%）更大（图2）。
图2. 在BL和EOT时，RIB组和PBO组的贝叶斯混合效应模型
EOT时，获得性突变/插入缺失
与PBO组（4%）相比，RIB组（9%）中获得性RB1突变频率更高（FDR adj P = 0.0098）（表2）。即使在校正ctDNA分数后，这一结果依然没有改变（P = 0.004）。在RIB组和PBO组，ERS1和PIK3CA获得性突变频率是相似的。
表2. EOT时，RIB组和PBO组获得性突变/插入缺失的基因频率
不同氨基酸变化的ERS1突变
根据氨基酸变化情况，最常见的ESR1突变是D538G、Y537S/N/C/D、E380Q和L536H/P/R，其他ERS1获得性突变少见（图3）。
图3. EOT时，RIB组（A）和PBO组（B）按照氨基酸变化罗列的ERS1常见突变
治疗组中TMB变化情况
从BL至EOT时，RIB组和PBO组均观察到TMB的升高（表3）。在RIB组，高TMB（>10）的患者比例从1.1%升高到5.7%（McNemar P = 0.0001），而在PBO组，高TMB的患者比例从1.7%升高到3%（McNemar P = 0.18）（表4）。通过综合考虑ctDNA分数和贝叶斯混合效应模型后，还观察到RIB组的TMB（OR = 9.0；95%CI = 2.9 ~ 32.7）比PBO组（OR = 2.1；95%CI = 0.7 ~ 6.5）有更大的数值增长。然而，该模型不支持tx疗效差异验证。
表3. BL和EOT时，RIB组和PBO组的TMB（中位值）
表4. BL和EOT时，RIB组和PBO组的TMB（最高和最低值）
研究结论
在接受1L/2L RIB+ET或PBO+ET治疗的HR+/HER2- ABC患者中，ML-2、-3和-7混合样本的综合分析证实了获得性基因改变。在RIB+ET治疗的患者中，发现了已知的与治疗耐药有关的基因（ESR1、RB1、ATM、FAT1和FAT3）频率改变在EOT时比C1D1时更高，而在PBO+ET治疗的患者中，与C1D1时相比，EOT时ESR1和GATA3基因频率改变更高。这是迄今为止来自BL和EOT时CDK4/6抑制剂治疗HR+/HER2- ABC的最大数据集，可用来验证和确认低改变频率基因的获得性耐药机制。
Fabrice Andre, et al. Identification of mechanisms of acquired resistance to ribociclib plus endocrine therapy using baseline and end-of-treatment circulating tumor DNA samples in the MONALEESA-2, -3, and -7 trials. 2022 SABCS abstract P5-02-14.
排版编辑：肿瘤资讯-Paine
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