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一项意大利多中心协调试验，用以评估标准参考样本中的MET 14号外显子跳跃突变

2023年11月01日

整理：肿瘤资讯

来源：肿瘤资讯

目前，肺癌仍然是全球癌症死亡的主要原因。国际社会推动了MET 14号外显子跳跃突变的分子检测，用于非小细胞肺癌(NSCLC)患者的临床分层。在常规实践中，有不同的技术方法可用于检测MET 14号外显子跳跃突变。本研究中评估了在不同中心进行的MET 14号外显子跳跃突变检测的技术性能和重现性。本文已于2023年2月发表于Diagnostics (Basel)。

背景

近年来，随着肺癌临床管理取得的巨大进步，特别是能够预测靶向治疗反应性的不同生物标志物的出现，晚期非小细胞肺癌（NSCLC）患者的无进展生存期（PFS）、总生存期（OS）和生活质量已获得显著改善。

在点突变、插入/缺失（indels）和基因融合等不同基因组改变中，考虑一类新的分子突变，这对于MET 14号外显子跳跃突变NSCLC的管理起着关键作用。一般来说，点突变、indels或大规模的全外显子缺失可能与剪接位点的改变和14号外显子转录丢失有关。这造成了Y1003CBL（一种E3泛素连接酶）在近膜结构域的MET结合位点的丢失，导致MET泛素化、降解减少，信号转导增加。约有3%~4%的晚期NSCLC患者发生MET 14号外显子跳跃突变。

由于MET 14号外显子跳跃突变的诱发原因具有异质性，采用何种方法检测MET 14号外显子跳跃突变仍是一个开放性的问题。其中，基于RNA或DNA二代测序（NGS）、聚合酶链反应(PCR)或实时逆转录-聚合酶链反应(RT-qPCR)方法通常被不同的实验室用于检测MET 14号外显子跳跃突变。总体来说，为了提升对MET 14号外显子跳跃突变的检测率，并最大程度减少漏检，及时采用不同的分子检测平台，评估实验室间的一致性也是至关重要的。在这种情况下，采用具有已知基因组背景的细胞系可能是一个有用的工具。本研究中使用人工参考标准品检测MET 14号外显子跳跃突变，评估了不同分子检测平台实验室之间的一致性。

结果

1. 定制参比标准样品的验证

脱蜡方案后，直接从所选载玻片中提取RNA。此外，为了检测RNA的数量，研究分析了代表第一和最后一个细胞块切片的两组载玻片，以验证石蜡包埋（FFPE）处理过程中肿瘤细胞的含量。简而言之，RNA在两个载玻片上都进行了定量和鉴定。从第一组和第二组载玻片组分别获得了非常相似的RNA量，分别为44.6 ng/μL和31.0 ng/μL。此外，匹配的RNA完整值（RIN值）分别为2.8和2.6。

图片1.png 图1. FFPE参比标准样品两组代表性载玻片的RNA定量和鉴定示意图

根据Easy^®PGX准备的ALK/ROS/RET/MET测定（Diatech Pharmacogenetics S.R.L., Jesi, Italy）说明成功进行了分子分析，数据分析在Easy®PGX平台的专有软件上进行的。图2报告了每个载玻片中MET 14号外显子跳跃突变阳性结果。

图片2.png 图2. 载玻片中检测到MET 14号外显子跳跃突变的EasyPGX结果。

1. 环形比对试验结果

所有参与机构都可以在截止日期之前提交调查结果。总体而言，检测到的中位RNA浓度为24.4 ng/μL（范围为4.3~51.3 ng μL）。手动和自动核酸提取工作流程中分别鉴定出32.8 ng/μL（范围为18.0~51.3 ng/μL）和7.7 ng/μL（范围为4.3~10.0 ng μL）RNA。

在所有情况下均成功识别出MET 14号外显子跳跃突变。因此，分子分析显示，基于RT-qPCR和NGS的程序的中位Cq截止值分别为30.2（范围从27.1~31.4）和2514（范围从160~7526）（见表1）。

表1. 基于参考标准样本的RNA分析

图片3.png

结论

正如之前在分子细胞病理学会议小组进行的实验中所证明的那样，使用人工对照是评估实验室间和实验室内可重复性的有效工具。在这项研究中，采用在不同实验室中经过验证的，具有已知基因变化的工程改造细胞株，是验证基于DNA亦或是RNA生物标志物分子平台有效性的基础。需要进一步的研究来分析工作流程对真实世界的临床样本的影响，以评估MET 14号外显子跳跃突变分析中发现的NSCLC患者靶向治疗的关键点。

责任编辑：肿瘤资讯-Nydia
排版编辑：肿瘤资讯-olivia

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有效期至2024-10-27

参考文献

Bironzo P, Pepe F, Russo G, et al. An Italian Multicenter Perspective Harmonization Trial for the Assessment of MET Exon 14 Skipping Mutations in Standard Reference Samples. Diagnostics (Basel). 2023;13(4):629. Published 2023 Feb 8. doi:10.3390/diagnostics13040629.

*本文由阿斯利康提供支持，仅供医疗专业人士参考