当地时间2019年4月1～3日，第59届英国血液学年会（BSH）在苏格兰格拉斯哥隆重召开。会议期间，英国基因组学Shirley Henderson博士报道了一项针对全基因组测序（WGS）的英国研究结果。全基因组测序（WGS）最终可取代无数个细胞遗传学小组，用于检测急性髓系白血病（AML）和急性淋巴细胞白血病（ALL）中单个和拷贝数变异分析，有可能改善临床实践并使患者受益。
英国基因组学癌症分子诊断学负责人Shirley Henderson博士对30多例患者进行了WGS和标准的细胞遗传学检测，其中共进行了250多次荧光原位杂交（FISH）。本次BSH会议上，Henderson博士公布了这项研究结果，发现WGS和FISH的一致率超过90％，误报率低于5％。此外，WGS能够识别被FISH检测遗漏的儿科ALL相关的单一变体。
Henderson博士表示，希望这些早期结果将来能在临床实践中发挥作用，能为临床工作提供有价值的结果，并且患者后续能从WGS提供的治疗和诊断机会中受益。
另外，Henderson博士强调，随着新型生物标志物的不断识别，AML和ALL将进展飞快。
更大的基因组分层
WGS能够识别并检测出新基因变异体，检出的额外信息允许将患者进行更大的基因组分层，在AML和ALL患者生存预后“非常差”的情况下，可以提供潜在的益处。
伦敦大学癌症研究所的Adele Fielding博士共同主持了这次会议。他对该研究结果进行了评论：在临床领域，参与并了解WGS这项技术的价值和局限性，以及解释这项技术如何对患者发挥益处，都非常重要。
Henderson博士在报告开始时指出，基因组检测广泛应用于血液系统恶性肿瘤，包括诊断、风险分层、选择治疗方案、检测微小残留病以及造血干细胞移植后的监测以及预后监测等。
国家基因组测试目录（National Genomic Test Directory）列出了很多可以在AML和ALL患者中可检测的基因，包括小变体和结构及拷贝数变体，以及ALL中的复杂变体。目前有许多技术可用于检测小型和拷贝数变体，比如核型分析、FISH、各种形式的聚合酶链反应（PCR）检测，以及用于比较基因组杂交（CGH）和单核苷酸多态性（SNP）的阵列。
虽然这些检测方法都有很多优点，但FISH和PCR只能检测特定的突变，核型分析和CGH/SNP阵列覆盖整个基因组，但也存在自身的局限性，包括前者的自动化问题和后者对低级别克隆的低敏感性。
相比之下，WGS具有以高分辨率和低故障率检测整个基因组中变体的优点，并且不需要活细胞。Henderson强调，WGC“经得起未来考验”，因为它可以检测所有突变，因此在发现新的生物标记物时，没必要进行额外的检测或重新设计panels。
面临的挑战
新出现的生物标记物如应用其他技术不易检测到的突变体和标志物，也可以通过WGS获得。但WGS仍存在很多挑战，其中成本就是一大问题。
虽然需检测的生物标记物数量增加以及WSG价格下降意味着将达到一个临界点，之后它将变得具有成本效益。
对于从“临床研究中的工具”转变为“临床工作中应用的技术”，周转时间也必须与现有的检测方法相当，并且需要通过研究和验证。
为了解决这些问题，研究人员分析了来自100,000 Genomes项目AML和ALL样本的WGS检测结果，并将这些结果与来自3个临床诊断实验室的检测结果（均采用血液肿瘤的标准检测方法）进行了比较。
研究人员收集了34例患者进行的252项FISH检测的数据，包括138个单一变异（18个为阳性、120个为阴性）和114个拷贝数变异（85个为阳性，29个为阴性）。
对于拷贝数变异，78个（92％）样本的FISH和WGS阳性结果保持一致，并且WGS检测出7种假阴性变异，并且在28个（97％）阴性结果中保持一致，WGS的阳性预测值为99％，假阳性率为3％。
对于单一变异，FISH和WGS检测出的阳性结果一致率高达100％，而且WGS额外识别出4种结构变异。
依据这些研究数据，研究小组计算出，就单一变异而言，WGS的阳性预测值为82％，假阳性率为3％。有趣的是，当进一步观察应用WGS检测出的其他结构变异时，研究人员发现了3种T细胞受体δ基因重排和ETV6-RUNX1融合基因，后者证明是由于探针的限制而未被FISH检测出的儿科ALL相关的变异断点。
下一步计划
Henderson及其同事希望能增加样本量，进一步将WGS与标准检测方法的数据进行比较，分析其他变异类型。对于AML和ALL而言，从细胞遗传学到WGS的过渡将是“循序渐进”的。分子学检测将会发生“整体转变”，随着实验室数据的不断积累，后续将在全国范围内集中地对样本进行WGS检测。同时，这对专业知识的掌握有了更高的要求。
Liam Davenport.Genome Sequencing Shows Clinical Promise in AML and ALL.medscape.com
https://www.medscape.com/viewarticle/911126#vp_2
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